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2.Utilisation du MeSH pour sélectionner les résumés

Pour sélectionner les phrases qui semblent décrire une interaction, nous n’avons utilisé que les termes utilisés dans le texte des résumés. Les termes d’indexation du résumé qui se trouvent dans le champ MeSH pourraient être utilisés. Le MeSH permet une approche synthétique des thèmes traités dans les résumés. Un certain nombre de termes MeSH pourraient être choisis. Ils serviraient alors de critère de sélection des résumés. Cette méthode a été utilisée par Stapley et Benoit dans leur travail sur la relation entre cooccurrences et fonction des gènes (2000).

Une autre manière d’utiliser le MeSH serait de faire une statistique sur les termes du MeSH comme nous l’avons fait sur les termes du résumé.

Nous pensons que l’utilisation du MeSH est une direction d’amélioration à privilégier car ce thésaurus est réputé être d’une grande qualité.

Tableau 74 Exemple d’identification de gènes dans un résumé

Le champ confiance est relatif à la définition désignée. Le champ reconnaître est relatif au label désigné. Le texte du résumé est donné Exemple 29.

N° phrase

Position

Processus

Prendre

Label

Gène

Confiance

Reconnaître

1

86

Expert

Oui

Regulator of postbithorax

hunchback (hb)

correcte

Non renseigné

1

86

Reconnaissance confirmée

Oui

Regulator of postbithorax

hunchback (hb)

correcte

Non renseigné

1

113

Expert

Oui

Rg-pbx

hunchback (hb)

correcte

Non renseigné

1

113

Reconnaissance confirmée

Oui

Rg-pbx

hunchback (hb)

correcte

Non renseigné

2

1

Expert

Oui

Rg- pbx

hunchback (hb)

correcte

Spécifié univoque

2

1

Définition ignorée

Non

Rg

rugose (rg)

non confirmée

Non renseigné

2

5

Reconnaissance confirmée

Oui

pbx

Ultrabithorax (Ubx)

correcte

Non renseigné

3

66

Expert

Oui

postbithorax

Ultrabithorax (Ubx)

correcte

Non renseigné

3

66

Reconnaissance confirmée

Oui

postbithorax

Ultrabithorax (Ubx)

correcte

Non renseigné

3

80

Expert

Oui

pbx

Ultrabithorax (Ubx)

correcte

Non renseigné

3

80

Reconnaissance confirmée

Oui

pbx

Ultrabithorax (Ubx)

correcte

Non renseigné

5

74

Expert

Oui

Rg-pbx

hunchback (hb)

correcte

Non renseigné

5

74

Reconnaissance confirmée

Oui

Rg-pbx

hunchback (hb)

correcte

Non renseigné

5

116

Expert

Oui

Rg-pbx

hunchback (hb)

correcte

Non renseigné

5

116

Reconnaissance confirmée

Oui

Rg-pbx

hunchback (hb)

correcte

Non renseigné

5

184

Label non confirmée

Non

labial

labial (lab)

correcte

Plutôt ambigu

6

67

Label non confirmée

Non

abdominal

abdominal (abd)

correcte

Plutôt ambigu

7

35

Label non confirmée

Non

similar

similar (sima)

correcte

Plutôt ambigu

7

89

Expert

Oui

hunchback

hunchback (hb)

correcte

Non renseigné

7

89

Reconnaissance confirmée

Oui

hunchback

hunchback (hb)

correcte

Non renseigné

7

100

Expert

Oui

hb

hunchback (hb)

correcte

Non renseigné

7

100

Reconnaissance confirmée

Oui

hb

hunchback (hb)

correcte

Non renseigné

8

33

Expert

Oui

Rg- pbx

hunchback (hb)

correcte

Spécifié univoque

8

33

Définition ignorée

Non

Rg

rugose (rg)

non confirmée

Non renseigné

8

37

Reconnaissance confirmée

Oui

pbx

Ultrabithorax (Ubx)

correcte

Non renseigné

8

45

Expert

Oui

hb

hunchback (hb)

correcte

Non renseigné

8

45

Reconnaissance confirmée

Oui

hb

hunchback (hb)

correcte

Non renseigné

9

100

Expert

Oui

Rg-pbx

hunchback (hb)

correcte

Non renseigné

9

100

Reconnaissance confirmée

Oui

Rg-pbx

hunchback (hb)

correcte

Non renseigné

9

132

Label non confirmée

Non

early

lodestar (lds)

à confirmer

Plutôt ambigu

9

132

Label non confirmée

Non

early

early (eay)

privilégiée

Plutôt ambigu

10

37

Expert

Oui

Rg-pbx

hunchback (hb)

correcte

Non renseigné

10

37

Reconnaissance confirmée

Oui

Rg-pbx

hunchback (hb)

correcte

Non renseigné

10

129

Expert

Oui

fushi tarazu

fushi tarazu (ftz)

correcte

Non renseigné

10

129

Reconnaissance confirmée

Oui

fushi tarazu

fushi tarazu (ftz)

correcte

Non renseigné

10

143

Expert

Oui

ftz

fushi tarazu (ftz)

correcte

Non renseigné

10

143

Reconnaissance confirmée

Oui

ftz

fushi tarazu (ftz)

correcte

Non renseigné

11

37

Expert

Oui

ftz

fushi tarazu (ftz)

correcte

Non renseigné

11

37

Reconnaissance confirmée

Oui

ftz

fushi tarazu (ftz)

correcte

Non renseigné

11

58

Expert

Oui

Rg-pbx

hunchback (hb)

correcte

Non renseigné

11

58

Reconnaissance confirmée

Oui

Rg-pbx

hunchback (hb)

correcte

Non renseigné

12

55

Expert

Oui

Rg-pbx

hunchback (hb)

correcte

Non renseigné

12

55

Reconnaissance confirmée

Oui

Rg-pbx

hunchback (hb)

correcte

Non renseigné

12

113

Expert

Oui

ftz

fushi tarazu (ftz)

correcte

Non renseigné

12

113

Reconnaissance confirmée

Oui

ftz

fushi tarazu (ftz)

correcte

Non renseigné

12

129

Expert

Oui

Rg-pbx

hunchback (hb)

correcte

Non renseigné

12

129

Reconnaissance confirmée

Oui

Rg-pbx

hunchback (hb)

correcte

Non renseigné

13

33

Expert

Oui

ftz

fushi tarazu (ftz)

correcte

Non renseigné

13

33

Reconnaissance confirmée

Oui

ftz

fushi tarazu (ftz)

correcte

Non renseigné

13

37

Expert

Oui

Rg- pbx

hunchback (hb)

correcte

Spécifié univoque

13

37

Définition ignorée

Non

Rg

rugose (rg)

non confirmée

Non renseigné

13

41

Reconnaissance confirmée

Oui

pbx

Ultrabithorax (Ubx)

correcte

Non renseigné

13

46

Label non confirmée

Non

double

double

correcte

Plutôt ambigu

14

40

Expert

Oui

Rg-pbx

hunchback (hb)

correcte

Non renseigné

14

40

Reconnaissance confirmée

Oui

Rg-pbx

hunchback (hb)

correcte

Non renseigné

14

48

Expert

Oui

ftz

fushi tarazu (ftz)

correcte

Non renseigné

14

48

Reconnaissance confirmée

Oui

ftz

fushi tarazu (ftz)

correcte

Non renseigné

14

61

Expert

Oui

postbithorax

Ultrabithorax (Ubx)

correcte

Non renseigné

14

61

Reconnaissance confirmée

Oui

postbithorax

Ultrabithorax (Ubx)

correcte

Non renseigné

14

75

Expert

Oui

pbx

Ultrabithorax (Ubx)

correcte

Non renseigné

14

75

Reconnaissance confirmée

Oui

pbx

Ultrabithorax (Ubx)

correcte

Non renseigné

Tableau 75 Inventaire des cas d’erreurs sur l’échantillon B

La colonne + indique le nombre d’erreur par excès : le programme identifier par erreur un gène. La colonne - indique le nombre d’erreur par défaut : le programme a manqué d’identifier un gène. La colonne Tot. donne le total.

Problèmes

-

+

Tot.

Variation orthographique

35

12

47

Espace après un tiret

6

5

11

Rg- pbx dans le texte, Rg-pbx dans le dictionnaire










pbx




3

3

Rg- pbx

3




3

suppressor- of-white-apricot dans le texte, suppressor-of-white-apricot dans le dictionnaire










suppressor -of-white-apricot

1




1

suppressor- of-forked dans le texte, suppressor-of-forked dans le dictionnaire










suppressor- of-forked

2




2

forked




2

2

Parenthèses incorrects

8

4

12

su(wa] dans le texte, su(wa) dans le dictionnaire










su(wa]

2




2

su[f) dans le texte, su(f) dans le dictionnaire










su[f)

2




2

f




2

2

suppressor- of-forked (su(f] dans le texte (pas de parenthèse fermante)










su(f]

2




2

f




2

2

E(wa] dans le texte, E(wa) dans le dictionnaire










E(wa]

1




1

Défaut de confirmation de Enhancer-of-white-apricot à cause de la non reconnaissance de E(wa]










Enhancer-of-white-apricot

1




1

Espace avant et après les exposants exposants

12




12

su(wa) dans le texte, su(w a ) dans le dictionnaire










su(wa)

9




9

Non confirmation de suppressor-of-white-apricot à cause de la mauvaise reconnaissance de su(wa)










suppressor-of-white-apricot

2




2

E(wa) dans le texte, E(w a ) dans le dictionnaire










E(wa)

1




1

Coupure de mot

5




5

mastermind dans le texte, master mind dans le dictionnaire










master mind

1




1

night-blind-A dans le texte, nightblind A dans le dictionnaire










might-bling-A

1




1

beta 2- tubulin dans le texte, beta2-tubulin dans le dictionnaire










beta 2- tubulin

1




1

hsDfd inclus le gène Deformed (Dfd)










hsDfd

1




1

beta-galactosidase variente prévus de beta galactosidase mais confirmée dans aucun résumé










beta-galactosidase

1




1

Divers

4

3

7

dipeptidase-A dans le texte, Dipeptase A dans Flybase










dipeptidase-A

1




1

dipeptidase-B dans le texte, Dipeptase B dans le Flybase










dipeptidase-B

1




1

87E actin gene dans le texte, Actin 87E dans le dictionnaire










87E actin gene

1




1

ring et Ring interprété par erreur à cause d'une fausse confirmation










ring




2

2

Ring




1

1

Faute de frappe dans le texte










Sex comb on midleg dans le texte, Sex combs on midleg dans le dictionnaire










Sex comb on midleg

1




1

Manque du dictionnaire

20




20

Manque manifeste du dictionnaire

19




19

Les gènes DNA ligase I (DNA-ligI) et DNA ligase II (DNA-ligII) n’avait pas de nom complet dans le dictionnaire










DNA ligase I

10




10

DNA ligase II

9




9

Synonyme absent

1




1

alpha methyl dopa-resistant dans le dictionnaire

l(2)amd alpha-methyldopa hypersensitive sur Flybase










alpha-methyldopa hypersensitive dans le texte










alpha-methyldopa hypersensitive

1




1

Label ambigu




18

18

split




1

1

unpigmented




2

2

gel




2

2

se




1

1

Res




1

1

run




1

1

faint




1

1

arm




1

1

stranded




3

3

shut off




1

1

fat




2

2

Confusion avec le code d’une substance dans EC 1.2.1.3










2.1




1

1

dorsal cuticle absent des termes spécifiques










dorsal




1

1

Confusion entre entités




13

13

Confusion entre le gène Sd et le SD chromosome










SD




10

10

Confusion entre le gènes decapentaplegic et le complexe decapentaplegic










Le complexe était absent du dictionnaire










decapentaplegic




2

2

Reconnaissance à tord de antennapedia dans l’expression antennapedia and bithorax complexes










antennapedia




1

1

Divers

4

3

7

B2t elliminé sur liste par erreur










B2t

3




3

Ordre des mots inattendu










Responder (Rsp) locus dans le texte, Responder locus (Rsp) dans le dictionnaire










Responder

1




1

Label imprécis




3

3

reconnaissance à tord d'alphaTubulin84B (alphaTub84B) par alpha-tubulin










alpha-tubulin




3

3

Total

59

46

105


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