Thèse pour obtenir le grade de








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2.Structure de données pour les textes
a.Structure de données pour les résumés

i.La table des résumés

Les 744 résumés que compte la base de données sont contenus dans une table. Le Tableau 39 présente un exemple d’enregistrement de cette table. La table est intitulée RM pour Résumé Medline..

Tableau 39 Table des résumés

Est présenté ici un enregistrement parmi d’autre de la table des résumés Medline.

Champ

Signification

Contenu

IRM

Clef primaire

94326643

RM

Texte du résumé

Successive alternative cell fate choices in the imaginal disc epithelium lead to the differentiation of a relatively invariant pattern of multicellular adult sensory organs in Drosophila. We show here that ...

IO

Origine

Lié à Flybase

PIR

IVI

-0,07

PIR1

IVI variante

-0,04

Vu

Annoté entiérement

Oui

AIR

Alias Numéro

455

IA

Annotateur

Bernard 2

Date

Date de création de l’enregistrement

21/04/00 16:27:55

Le numéro utilisé comme clef primaire n’est autre que le numéro utilisé par la base de données Medline. Le champ AIR fournit un deuxième système de numérotation, qui est propre à la base de données. Il s’agit du numéro d’ordre dans la présentation des résumés dans le formulaire d’annotation. Le texte du résumé a été tronqué pour améliorer la présentation. Deux champs sont consacrés à l’IVI de façon à permettre une comparaison entre différentes méthodes de calcul de cet indice. Nous n’avons pas utilisé l’intitulé IVI car le préfixe I est réservé aux clefs. Le champ Vu permet de savoir si le résumé à été annoté manuellement à la fois pour la reconnaissance des définitions de gènes et pour l’identification des interactions.

ii.Les tables annexes

1)Structure de données pour le suivi de l’annotation

L’annotation s’est faite en plusieurs temps et par différentes personnes. Pour mémoriser ce qui a été fait sur chaque résumé, un champ dans le résumé est consacré à cette information. Ce champ intitulé IA contient une référence à un enregistrement de la table des annotateurs (AR). Le contenu de cette table est donné dans le Tableau 40.

Tableau 40 Table des annotateurs

Cette table permet le suivie du processus d’annotation. La personne ainsi que le degré d’achèvement de la notation y est inscrit.

Clef

Annotateur

Description

1

à faire...




2

Ambroise 2

Interaction, avec le sens. Reconnaissance des gènes, avec ajout des gènes manquants, sans les groupes

3

Bernard 2

Interaction, avec le sens. Reconnaissance des gènes, avec ajout des gènes manquants, sans les groupes

4

Violaine 3




5

Denys 1

Interaction, avec le sens. Reconnaissance des gènes, avec ajout des gènes manquants, sans les groupes

6

Violaine et Deny 1

Interaction, avec le sens. Reconnaissance des gènes, sans ajout des labels manquant, sans les groupes

7

Ambroise 1

Interaction, avec le sens. Reconnaissance des gènes, sans ajout des labels manquant, sans les groupes

8

Bernard 1

Interaction, avec le sens. Reconnaissance des gènes, sans ajout des labels manquant, sans les groupes

9

Ambroise 3

Interaction, avec le sens. Reconnaissance des gènes, avec ajout des gènes manquants, avec les groupes

10

Bernard 3

Interaction, avec le sens. Reconnaissance des gènes, avec ajout des gènes manquants, avec les groupes

11

Ambroise 0

Interaction sans le sens. Pas de validation de la reconnaissance des gènes par les labels

2)Structure de données pour l’origine de l’enregistrement

La base de données contient actuellement deux types distincts d’enregistrements. Le Tableau 41 donne la description de ces deux types. La table est intitulée ORM pour Origine Résumé Medline..

Tableau 41 La table des origines des résumés

Les résumés de la base sont de deux types. Chaque enregistrement de la table représente un type.

IO

Origine

Commentaires

1

Lié à Flybase

Les résumés de ce type sont cités par au moins une phrase de l'échantillon issue de Flybase

2

Sans nom de gène

Les résumés de ce type n'ont pas en principe de nom de gène. Ils ont été choisits spécialement pour cette propriété.
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