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Tableau 35 Collection de gènes

Les labels présentés désignent une collection de gènes. Chacun de ces labels a été trouvé au moins une fois au cours de l’annotation. Chaque ligne du tableau correspond à une définition présente dans le dictionnaire issu de Flybase. Ces définitions étant imprécises, elles sont mises de côté dans la reconnaissance des gènes.

Label

Gène




Spectrin

alpha Spectrin (alpha-Spec)




Spectrin

beta Spectrin (beta-Spec)




spectrin

alpha Spectrin (alpha-Spec)




spectrin

beta Spectrin (beta-Spec)




ASC

asense (ase)




ASC

achaete (ac)




BXC

abdominal A (abd-A)




BXC

Abdominal B (Abd-B)




BXC

Ultrabithorax (Ubx)




Actin

Actin 42A (Act42A)




Actin

Actin 57B (Act57B)




Actin

Actin 79B (Act79B)




Actin

Actin 87E (Act87E)




Actin

Actin 88F (Act88F)




Actin

Actin 5C (Act5C)




actin

Actin 42A (Act42A)




actin

Actin 5C (Act5C)




hsp70

Heat-shock-protein-70Ab (Hsp70Ab)




hsp70

Heat-shock-protein-70Ba (Hsp70Ba)




hsp70

Heat-shock-protein-70Bb (Hsp70Bb)




hsp70

Heat-shock-protein-70Aa (Hsp70Aa)




hsp70

Heat-shock-protein-70Bc (Hsp70Bc)




U2AF

(U2af50)




U2AF

(U2af65)




U2AF

(U2af35)




histone

Histone H2A (His2A)




histone

Histone H1 (His1)




histone

Histone H2B (His2B)




histone

Histone H4 (His4)




histone

Histone H3 (His3)




gooseberry

gooseberry distal (gsb-d)




gooseberry

gooseberry proximal (gsb-p)




Amylase

Amylase distal (Amy-d)




Amylase

Amylase proximal (Amy-p)




amylase

Amylase proximal (Amy-p)




amylase

Amylase distal (Amy-d)




Tableau 36 Orthographie absentes de Flybase

Les deux premières colonnes indiquent la définition absente du dictionnaire extrait de Flybase, et la troisième le nombre de reconnaissance faite par l’annotateur.

Label

Gène

Fréquence

Wingless

wingless (wg)

12

Armadillo

armadillo (arm)

11

SUHW

suppressor of Hairy wing (su(Hw))

9

Dorsal

dorsal (dl)

8

extramacrochaete

extra macrochaetae (emc)

6

even-skipped

even skipped (eve)

6

UBX

Ultrabithorax (Ubx)

5

dU2AF50

U2af50

5

DPP

decapentaplegic (dpp)

4

calmodulin

Calmodulin (Cam)

4

Bicoid

bicoid (bcd)

3

Abdominal-B

Abdominal B (Abd-B)

3

Tube

tube (tub)

3

Pelle

pelle (pll)

3

Hairless

Hairless (H)

3

Dm cdc2c

cdc2c

3

gooseberry-distal

gooseberry distal (gsb-d)

3

gooseberry-proximal

gooseberry proximal (gsb-p)

3

abdominal-A

abdominal A (abd-A)

3

Nos

nanos (nos)

3

beta 1 tubulin

betaTubulin56D (betaTub56D)

3

cyclin E

Cyclin E (CycE)

3

Sry delta

Serendipity delta (Sry-delta)

3

Sex-lethal

Sex lethal (Sxl)

2

Cactus

cactus (cact)

2

Torso

torso (tor)

2

EGF-Receptor

EGF receptor (Egfr)

2

Daughterless

daughterless (da)

2

extra sex combs

extra sexcombs (esc)

2

TmI

Tropomyosin 1 (Tm1)

2

NINAC

neither inactivation nor afterpotential C (ninaC)

2

Grk

gurken (grk)

1

lethal-of- scute

lethal of scute (l(1)sc)

1

alpha- spectrin

alpha Spectrin (alpha-Spec)

1

TOLLOID

tolloid (tld)

1

Ultra-bithorax

Ultrabithorax (Ubx)

1

tropomyosin I

Tropomyosin 1 (Tm1)

1

vgBG

vestigial (vg)

1

Lethal of Scute

lethal of scute (l(1)sc)

1

Scute

scute (sc)

1

Sevenless

sevenless (sev)

1

suppressor of Hairy-wing

suppressor of Hairy wing (su(Hw))

1

ANTP

Antennapedia (Antp)

1

TmII

Tropomyosin 2 (Tm2)

1

Protein Kinase A

Protein Kinase A (PKA)

1

serendipity delta

Serendipity delta (Sry-delta)

1

acetylcholinesterase

Acetylcholine esterase (Ace)

1

Segregation Distorter

Segregation distorter (Sd)

1

SCW

screw (scw)

1

troponin I

wings up A (wupA)

1

Hunchback

hunchback (hb)

1

Runt

runt (run)

1

Abdominal- A

abdominal A (abd-A)

1

Zeste-White 3

shaggy (sgg)

1

histone H1

Histone H1 (His1)

1

AceIJ29

Acetylcholine esterase (Ace)

1

AceIJ40

Acetylcholine esterase (Ace)

1

Hsp90

Heat shock protein 83 (Hsp83)

1

EMS

empty spiracles (ems)

1

double sex

doublesex (dsx)

1

absent, small or homeotic discs1

absent, small, or homeotic discs 1 (ash1)

1

histone H3

Histone H3 (His3)

1

D- Mek

Downstream of raf1 (Dsor1)

1

PSI

P-element somatic inhibitor (Psi)

1

bigbrain

big brain (bib)

1

TRA

transformer (tra)

1

extra-macrochaete

extra macrochaetae (emc)

1

Achaete

achaete (ac)

1

Beta Tub56D

betaTubulin56D (betaTub56D)

1

Beta 3 tubulin

betaTubulin60D (betaTub60D)

1

Phosrestin II

Arrestin A (Arr1)

1

Zeste-white 3

shaggy (sgg)

1

Tableau 37 Définitions aberrantes

Certaines définitions sont manifestement inappropriées pour identifier des gènes à l’intérieur de texte. Le label de la première colonne est sensé désigner le gène de la deuxième colonne. Plus de 4500 définitions de cette sorte ont été dénombrées. Nous listons ici celles qui concernent les gènes les plus répandus.

Label

Gène

l(2)22Fa

decapentaplegic (dpp)

Hin-d

decapentaplegic (dpp)

ho

decapentaplegic (dpp)

Haplo-insufficient

decapentaplegic (dpp)

l(2)10638

decapentaplegic (dpp)

M(2)23AB

decapentaplegic (dpp)

M(2)LS1

decapentaplegic (dpp)

I

wingless (wg)

Complementation group I

wingless (wg)

l(2)02657

wingless (wg)

l(2)rO727

wingless (wg)

bx

Ultrabithorax (Ubx)

bithorax

Ultrabithorax (Ubx)

l(3)89Eb

Ultrabithorax (Ubx)

prd4

bicoid (bcd)

PRD gene 4

bicoid (bcd)

mat(2)dorsal

dorsal (dl)

l(1)6Fa

Sex lethal (Sxl)

Fl

Sex lethal (Sxl)

Female lethal

Sex lethal (Sxl)

l(1)3Cb

Notch (N)

l(1)N

Notch (N)

T5

achaete (ac)

l(3)08247

hairy (h)

l(3)85Ah

hunchback (hb)

l(3)rM384

hairy (h)

transcript group V

engrailed (en)

V

engrailed (en)

Humeral

Antennapedia (Antp)

l(3)84Ba

Antennapedia (Antp)

ANTC

Antennapedia (Antp)

Hu

Antennapedia (Antp)

l(2)57Ea

EGF receptor (Egfr)

l(2)57DEFa

EGF receptor (Egfr)

l(2)57EFa

EGF receptor (Egfr)

l(1)IV

extradenticle (exd)

Drosophila epidermal growth factor receptor homologue

EGF receptor (Egfr)

T4

scute (sc)

l(1)1Ba

scute (sc)

l(2)br28

snail (sna)

l(3)br28

snail (sna)

l(2)35Db

snail (sna)

l35Db

snail (sna)

br28

snail (sna)

l(3)84Ag

fushi tarazu (ftz)

l(3)07117

nanos (nos)

l(3)j6E3

squid (sqd)

l(2)49Ea

Posterior sex combs (Psc)

l(2)vr14

Posterior sex combs (Psc)

vr14

Posterior sex combs (Psc)



Tableau 38 Liste des tables présentes dans la base de données

La deuxième colonne renvoie au code de la section qui décrit la table.

Intitulé

Section

Contenu de la table

AR

Chapitre 2 I.A.2.a.ii.1

Annotateur Résumé. Personne qui a annoté le résumé

CD

Chapitre 2 I.A.3.c.iii

Confiance dans la Définition. Type de traitement à donner à la définition en fonction de la confiance qu’on lui porte.

CI

Chapitre 2 II.A.1

Couple de gènes en Interaction. Reconnaissance d’interaction.

DG

Chapitre 2 I.A.3.c.i

Définition de gène. Association entre un gène et un label.

EB

Chapitre 2 I.A.3.a.ii.1

Entité Biologique. Rubrique du dictionnaire des gènes.

FGA

Chapitre 2 I.A.3.a.iii

Filiation Gène ou Assimilé. Table de relation père-fils pour les gènes.

GA

Chapitre 2 I.A.3.a.i

Gène ou objet assimilé.

IPF_PF_IRM_

Chapitre 2 III.C

Phrase issue de Flybase.

Lm

Chapitre 2 II.B.1.a

Lemme. Forme lemmatisé des termes spécifiques de l’interaction.

MB

Chapitre 2 II.B.1.b

Mot brut. Forme non lemmatisé des mots spécifiques de l’interaction

NG

Chapitre 2 I.A.3.b.i

Nom de Gène. Label, terme utilisé pour désigner un gène.

OED

Chapitre 2 I.A.3.c.ii.2

Origine de l’Enregistrement du Dictionnaire. Origine de la définition de gène.

OI

Chapitre 2 II.A.2

Ordre dans l’Interaction.

ORM

Chapitre 2 I.A.2.a.ii.2

Origine du Résumé Medline.

PGA

Chapitre 2 I.A.3.a.ii.2

Provenance Gène ou Assimilé.

PM

Chapitre 2 I.A.2.b

Phrase Medline.

PRG

Chapitre 2 I.A.4.b.ii

Processus de Reconnaissance des Gènes. Etape dans le processus de reconnaissance des gènes dans les textes.

PRI

Chapitre 2 II.A.3

Processus de Reconnaissance des Interactions. Type de reconnaissance pour les interactions.

RDG

Chapitre 2 I.A.4.b.i

Reconnaissance de Définition de Gène. Identification d'une définition de gène en un lieu donné d'un texte.

RM

Chapitre 2 I.A.2.a.i

Résumé Medline. Le résumé en entier.

RMB

Chapitre 2 II.B.2

Reconnaissance Mot Brut. Identification d'un mot brut dans une phrase en un lieu donné.

RNG

Chapitre 2 I.A.4.a

Reconnaissance Nom de Gène. Identification d'un label dans une phrase à une certaine position.

RNGR

Chapitre 2 I.A.3.b.ii

Reconnaissance Nom de Gène Réflexive. Identification d'un label dans un autre label en une position donnée.

RT

Chapitre 2 I.A.3.b.vi

Relation de Transformation. Type de transformation qui mène d'un label à un autre label.

TNG

Chapitre 2 I.A.3.b.vi

Transformation Nom de Gène. Relation de transformation entre les labels.

TR

Chapitre 2 I.A.3.b.v

Type de Reconnaissance. Catégorie de labels et donc traitement approprié à faire lors de la reconnaissance.

Ty

Chapitre 2 I.A.3.c.ii.1

Type de la définition. Catégorie Nom abrégé, Nom Complet, Synonyme...
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