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E.Les erreurs du dictionnaire

1.Les contradictions du dictionnaire

Le dictionnaire que nous avons utilisé comporte parfois des incohérences. Il se peut que deux définitions utilisent le même label, avec une définition de type nom complet ou symbole et une autre définition de type nom synonyme. Nous dirons dans ce cas que nous avons à faire à des définitions contradictoires. Le Tableau 27 donne des exemples.

Tableau 27 Contradiction : cas des noms synonymes

Des labels de la première colonne sont les symboles ou les noms complets des gènes de la deuxième colonne, mais ce sont aussi des synonymes des gènes de la troisième colonne. Les noms synonymes sont la cause de beaucoup de contradiction.

Label

Gène 1

Gène 2

bxd

(bxd)

Ultrabithorax (Ubx)

cap

capon (cap)

Chromosome-associated protein (Cap)

cap

capon (cap)

Calphotin (Cpn)

cm

carmine (cm)

crumpled (cmp)

da

daughterless (da)

darky (dar)

dl

dorsal (dl)

duplicated legs (dpl)

E(spl)

Enhancer of split (E(spl))

E(spl) region transcript mbeta (HLHmbeta)

eag

ether a go-go (eag)

eagle (eg)

H1

haemolymph protein 1 (H1)

Histone H1 (His1)

H1

haemolymph protein 1 (H1)

(Su(osk)H1)

Met

Metatarsi irregular (Met)

Resistance to Juvenile Hormone (Rst(1)JH)

mis

misproportioned (mis)

canoe (cno)

PKA

Protein Kinase A (PKA)

(Pka-R1)

PKA

Protein Kinase A (PKA)

cAMP-dependent protein kinase 1 (Pka-C1)

ras

raspberry (ras)

Ras oncogene at 85D (Ras85D)

ras

raspberry (ras)

Ras oncogene at 64B (Ras64B)

shv

shiva (shv)

decapentaplegic (dpp)

shv

shiva (shv)

shortened veins (svs)

Ste

Stellate (Ste)

Suppressor of Stellate (Su(Ste))

zip

zipper (zip)

unzipped (uzip)

Seuls sont présentés dans ce tableau des cas qui ont été rencontrés dans les textes. Cela signifie que tous les labels de la première colonne se trouvent au moins une fois dans les textes que nous avons analysés. Il ne s’agit donc pas a priori de contradictions portant sur les labels extrêmement rares qui ne se rencontrerait pas dans la pratique. En revanche, le Tableau 77 fournis l’ensemble des contradictions du dictionnaire indépendamment du fait qu’elles ont ou n’ont pas étés illustrées dans au moins un texte.

Il ne s’agit pas, à proprement parler, d’erreurs du dictionnaire. Il s’agit seulement d’incohérences dans l’usage, qui ont été fidèlement consignées par Flybase. Par exemple, il n’est pas impossible qu’un auteur isolé ait écrit dans un de ses résumés dl pour faire référence au gène duplicated legs (dpl) alors qu’il est clair que dl est déjà pris pour dorsal (dl). Il n’en reste pas moins que nous devons faire la chasse à ces incohérences et empêcher qu’elles nuisent au processus automatique d’identification des gènes dans les textes.

Nous proposons pour cela de mettre de coté les définitions de type synonyme qui seraient en conflit avec les définitions de type nom complet ou symbole. Cette règle d’abord inspirée par le bon sens a été validée comme suit. Nous avons calculé le nombre de fois où cette règle est pertinente dans les textes que nous avons annotés. Cette statistique est faite sur les 112 résumés de l’échantillon A. Elle s’est avéré pertinente dans 54 cas sur 55. La seule exception est donnée dans l’exemple 78.

Exemple 10 Préférence donnée à un synonyme

Ce cas de figure est exceptionnel. C’est Ras oncogene at 85D (Ras85D) et non raspberry (ras) dont il est question dans la dernière phrase. En effet, dans la phrase qui précède, l’auteur fait référence à Ras oncogene at 85D (Ras85D) quand il donne un synonyme : Ras1.

The expression of the D. melanogaster transcription factor Jun in the eye imaginal disc correlates temporally and spatially with the determination of neuronal photoreceptor fate. Expression of dominant negative forms of Jun in photoreceptor precursor cells results in dose-dependent loss of photoreceptors in the adult fly. Conversely, localized overexpression of Jun in the eye imaginal disc can induce the differentiation of additional photoreceptor cells. Furthermore, the transformation of nonneuronal cone cells into R7 neurons elicited by constitutively active forms of sevenless, Ras1, Raf, and MAP kinase is relieved in the presence of Jun mutants. These results demonstrate a requirement of Jun downstream of the sevenless/ras signaling pathway for neuronal development in the Drosophila eye.

Nous venons de voir les cas de contradictions dans le dictionnaire qui ont lieu entre des définitions de type nom complet et des définitions de type nom synonyme. Il existe aussi, mais ils sont plus rares, des cas de conflits entre définitions de type symbole et de type nom complet. Le fournit les deux cas qui se trouvent dans le dictionnaire.

Tableau 28 Contradiction entre symbole et nom complet.

Le label de la première colonne est le symbole du gène de la seconde colonne, mais aussi le nom complet du gène de la troisième colonne. Seul deux cas sont présents dans le dictionnaire issu de Flybase.

Label

Gène 1

Gène 2

Apc

APC-like (Apc)

Apc (Fs(3)Apc)

dark

darkener of white-eosin (dark)

dark (dk)
2.Des définitions aberrantes

Nous avons vu que tout emploi, même marginal, est consigné dans le dictionnaire Flybase. Ces informations sont parfois trop anecdotiques pour constituer une bonne définition de gène. Par exemple, il est noté dans Flybase que le terme transcript group V, et même la lettre V (qui représente le chiffre romain cinq) a été utilisé par un auteur dans un texte pour désigner le gène engrailed. Nous ne pouvons cependant pas en conclure que nous sommes en présence du gène engrailed à chaque fois que nous rencontrons dans un texte le terme transcript group ou la lettre V. Ce type d’information constitue ce que nous appellerons une définition aberrante. Le Tableau 37 donne quelques exemples de telles définitions.

Le problème pour nous, réside dans le fait que de telles définitions, inutiles et même gênantes, sont mêlées à des définitions pertinentes. En effet, tout ce que l’on peut dire est qu’elles sont classées dans la catégorie des définitions de type nom synonyme. Or il y a aussi dans cette catégorie de bonnes définitions comme par exemple celles qui correspondent à des variations orthographiques sur le symbole ou le nom complet d’un gène.
3.Les formats imprévus

Pour finir sur les problèmes rencontrés dans le dictionnaire issu de Flybase, nous signalons des erreurs ou irrégularité dans le format. Par exemple, à l’intérieur du champ nom synonyme on trouve des explications complémentaires sur le label présenté. Il peut s’agir d’un commentaire placé entre parenthèse qui indique que le nom de gène est déjà utilisé dans une autre définition ou qu’il est suspect. On trouve aussi des explications sur l’origine des labels qui consistent à donner pour un nom synonyme le label dont il est l’abréviation. Des références bibliographiques sommaires sont aussi parfois données entre parenthèses. On trouve aussi le terme unnamed, voire le point d’interrogation. Tout ceci n’est pas systématique et peut difficilement être exploité. Il est donc nécessaire de filtrer cette information.

Nous signalons aussi des problèmes de doublons, c’est à dire de redondance de l’information. On trouve ainsi assez fréquemment des définitions qui sont répétées plusieurs fois pour un même gène avec, par exemple, une des définitions de type nom complet et l’autre définition de type nom synonyme. Ces informations inutiles, car redondantes, ont été supprimées de façon à faciliter les opérations de dénombrement.

Dans le même ordre d’idée, nous avons aussi eu quelque cas de doublons. Par exemple, de gène popeye (pop) (FBgn 14375 30) est identique à popeye (FBgn 3125). Nous avons donc mis de côté le second gène.

F.Nécessité de l’utilisation du contexte

1.Utilisation du contexte pour préférer une reconnaissance à une autre

Dans certain cas, nous voyons que c’est le contexte qui permet de comprendre le sens du texte. Voici un exemple 79.

Exemple 11 Interprétation et contexte

Le contexte est nécessaire pour l’interprétation. Ici le terme souligné Nos désigne non pas le gène Nitric oxide synthase (Nos), mais la protéine du gène nanos (nos).

Localization of the maternally synthesized nanos (nos) RNA to the posterior pole of the Drosophila embryo provides the source for a posterior-to- anterior gradient of Nos protein. Correct spatial regulation of nos activity is essential for normal pattern formation. High local concentrations of Nos protein in the posterior of the embryo are necessary to inhibit translation of the transcription factor Hunchback in this region, and thus permit expression of genes required for abdomen formation (see ref. 5 for review). By contrast, misexpression of Nos protein at the anterior of the embryo prevents translation of the anterior morphogen Bicoid, suppressing head and thorax development. Posterior localization of nos RNA is mediated by sequences within the nos 3' untranslated region (3'UTR) and requires the function of eight genes of the 'posterior group'. Although the unlocalized nos RNA is stable in embryos from females mutant for any of the posterior group genes, these embryos appear to lack nos activity because they develop the abdominal defects characteristic of embryos produced by nos mutant females. We report here that unlocalized nos RNA is translationally repressed. Translational repression is mediated by the nos 3'UTR and can be alleviated either by replacement of the 3'UTR with heterologous 3'UTR sequences or by posterior localization. Thus, RNA localization provides a novel mechanism for translational regulation.

Dans cet exemple, nous voyons que paradoxalement une définition de type nom synonyme (plus précisément du type protéine) doit être préférée à une définition de type symbole. Nous constatons que cette utilisation du contexte pour interpréter le label doit être faite au niveau du résumé entier et pas au niveau de la phrase.

Dans le précédent exemple, nous avons vu une préférence donnée à un gène sur un autre gène dans l’interprétation d’un label. Il se peut aussi que l’on donne, grâce au contexte, la préférence à un complexe de protéines au détriment d’un gène. Ceci est illustré dans l’exemple ci-après.

Exemple 12 Utilisation du contexte : cas d’un complexe de protéine

Un complexe de protéines est préféré à un gène par l’utilisation du contexte. Ici les occurrences soulignées de PS doivent être interprétées comme des références au complexe PS integrins (PS) et non au gène Presenilin (PS).

The two Drosophila position-specific (PS) integrins are expressed on complementary sides of sites where different cell layers adhere to each other, such as the attachments of the embryonic muscles to the epidermis. While there is suggestive evidence that the PS integrin-mediated adhesion is via the extracellular matrix, it is also possible that it occurs through the direct interaction of the two integrins, alpha PS1 beta PS and alpha PS2 beta PS. To help distinguish between these possibilities a comparison between the phenotypes caused by the absence of the beta PS subunit and the absence of one of the PS alpha subunits, alpha PS2, has been made. Two pieces of evidence are provided that prove that the alpha PS2 subunit is encoded by the locus inflated (if). Firstly, three new if alleles have been isolated, each of which is associated with a molecular lesion in the alpha PS2 gene, and each of which results in the complete loss of if activity. Secondly, a 39 kb fragment of genomic DNA that encompasses the alpha PS2 gene completely rescues if mutations when introduced into the germline by P- element-mediated transformation. A comparison of the null inflated phenotype with that of the locus that encodes the beta PS subunit, myospheroid (mys), reveals that while the beta PS subunit is required for the adhesion of the epidermis along the dorsal midline, the alpha PS2 subunit is not. In if mutant embryos, the muscles remain attached to the other cell layers significantly longer than in a mys mutant embryo. This shows that the alpha PS2 beta PS integrin only contributes part of the adhesive activity at the sites of PS integrin adhesion, and rules out a model where PS integrin function occurs solely by the direct interaction of the two PS integrins.

Le contexte permet aussi de lever l’ambiguïté qu’il peut y avoir avec des allèles. Voici un exemple 80.

Exemple 13 Utilisation du contexte : cas des Allèles

Un allèle est préféré à un gène par l’utilisation du contexte. Les termes soulignés wbl et wa font référence aux allèles white-blood (wbl) et white-apricot (wa) du gène white (w) et non aux gènes windbeutel (wbl) et warty (wa).

We are interested in identifying single gene mutations that are involved in trans-acting dosage regulation in order to understand further the role of such genes in aneuploid syndromes, various types of dosage compensation as well as in regulatory mechanisms. The Lighten up (Lip) gene in Drosophila melanogaster was identified in a mutagenic screen to detect dominant second site modifiers of white-blood (wbl), a retrotransposon induced allele of the white eye color locus. Lip specifically enhances the phenotype of wbl as well as a subset of other retroelement insertion alleles of white, including the copia-induced allele, white-apricot (wa), and six alleles caused by insertion of I elements. We isolated six alleles of Lip which are all recessive lethal, although phenotypically additive heteroallelic escapers were recovered in some combinations. Lip also suppresses position effect variegation, indicating that it may have a role in chromatin configuration. Additionally, Lip modifies the total transcript abundance of both the blood and copia retrotransposons, having an inverse effect on the steady state level of blood transcripts, while showing a non-additive effect on copia RNA.

Nous constatons dans cet exemple que, bien que la terminologie des gènes de la drosophile ait été faite avec suffisamment de rigueur pour qu’un symbole ne renvoie toujours qu’à un gène, cela n’est pas suffisant, car quand on regarde les choses au niveau des gènes et des allèles, il y a des ambiguïtés. Ici par exemple l’allèle white-abricot (wa) a un symbole qui se confond avec le symbole de warty (wa).

Dans un dernier cas de figure, ce que l’on préfèrera à un gène n’a rien à voir avec un gène. C’est ce que nous appellerons un objet spécifique. Le voici illustré 81.

Exemple 14 Utilisation du contexte : cas d’un objet spécifique

Un objet spécifique est préféré à un gène par l’utilisation du contexte. Le terme souligné AR est l’abréviation de adaptative response, il ne doit pas être interprété comme une référence au gène Adrenodoxin reductase (AR).

The effects of a low dose (0.1-20 mGy) preirradiation with X-rays followed by a higher dose (2 Gy) of the same radiation on the recovery of the genetic damage induced as dominant lethals in mature oocytes (stage 14) of different strains of Drosophila melanogaster were investigated. The response was shown to be dependent on the genotype of the flies tested, since lower frequencies of dominant lethals (DL) were only obtained in strains carrying the white mutation. Based on these observations experiments to locate the genetic factor responsible for the adaptive response (AR) were performed. This factor was found to be in a specific region of the X-chromosome. Additional experiments were carried out to give information on the minimal dose required to induce the AR. The results showed that the lowest dose needed is 0.2 mGy. Increasing the conditioning X-ray dose had no influence on the response.

Nous voyons dans cet exemple que l’objet spécifique adaptive response (AR) se comporte exactement comme un gène. Il sera donc intégré au dictionnaire comme les gènes, les complexes de protéines, les complexes de gènes et famille de gènes et les allèles. Cependant, une rubrique spéciale lui sera réservée.

L’étude de ces exemples nous permet de donner quelques définitions et d’établir des règles pour la reconnaissance des définitions.

Quand la reconnaissance d’une définition dans un texte est crédibilisée par la reconnaissance d’une autre définition du même gène, nous dirons que la reconnaissance est confirmée. Dans le cas contraire nous dirons qu’elle est isolée.

Dans le cas où, à une occurrence donnée d’un label dans un texte, n’est associée qu’une seule reconnaissance, nous dirons que cette reconnaissance est simple. Dans le cas contraire nous dirons qu’elle est multiple.

Nous avons vu que dans le cas de certaines contradictions du dictionnaire, il est nécessaire de privilégier une définition sur une autre. Par exemple, le label Nos sera préférentiellement associé au gène Nitric oxide synthase (Nos) plutôt qu’au gène nanos (nos). La définition A, qui associe Nos à Nitric oxide synthase (Nos) sera caractérisée de privilégiée, ce qui signifie qu’elle sera en général préférée à la définition B, qui associe Nos à nanos (nos). Il existe cependant des cas comme dans l’exemple 79, où la reconnaissance de la définition B est confirmée, alors que la reconnaissance de la définition A ne l’est pas. Dans ce cas, il faut effectuer la reconnaissance de B et ne pas effectuer celle de A.

Nous dirons donc que la définition B est à confirmer. Cela signifie qu’elle ne sera reconnue que s’il y a confirmation.

Nous voyons dans cet exemple que la reconnaissance de A ne se fait pas, parce qu’elle est multiple et qu’elle est non confirmée.

Nous venons de voir que le contexte permet de résoudre les problèmes des contradictions qui se trouvent dans le dictionnaire. Voyons maintenant comment nous pouvons l’utiliser pour résoudre le problème des labels ambigus.
2.Utilisation du contexte pour régler le problème de l’ambiguïté des labels

Nous avons vu que certains labels présentent un caractère ambigu, à savoir qu’ils ne renvoient pas nécessairement vers un gène. Voyons sur l’exemple 82 comment le contexte permet de résoudre le problème.

Exemple 15 Contexte et ambiguïté des labels

La confirmation de la reconnaissance d’une définition permet de lever l’ambiguïté sur le label. Ici l’ambiguïté sur le label stripe (souligné) est levée par la présence du label sr (souligné), qui participe à la définition du même gène, à savoir stripe (sr).

The different thoracic muscles of Drosophila are affected specifically in the mutants: stripe (sr), erect wing (ewg), vertical wings (vtw), and nonjumper (nj). We have tested the extent of this specificity by means of a genetic analysis of these loci, multiple mutant combinations, and gene dosage experiments. A quantitative, rather than a qualitative, specificity is found in the mutant phenotypes. All muscles are altered by mutations in any given gene, but the severity of these alterations is muscle specific. The locus stripe seems to have a polar organization where different allelic combinations show quantitative specificity in the muscle affected. In addition to the muscle phenotypes, neural alterations are detected in these mutants. The synergism found between ewg, vtw and ewg, sr as well as the dosage effect of the distal end of the X chromosome upon the expression of ewg and sr suggests the existence of functional relationships among the loci analyzed.

Certains labels renvoient trop souvent vers autre chose qu’un gène pour permettre, à eux seul, de reconnaître un gène. En revanche, dés lors que la reconnaissance de la définition à laquelle ils participent est confirmée, on peut les interpréter. Nous dirons que ces labels sont à confirmer.

Le même procédé peut être utilisé pour les mots vides comme illustré dans l’exemple 83.

Exemple 16 Utilisation du contexte : cas des mots vides

Même les mots vides peuvent être interprétés quand ils sont confirmés. Ici if renvoie bien à inflated (if) comme en témoigne la présence dans le texte des labels inflated et alpha PS2.

The two Drosophila position-specific (PS) integrins are expressed on complementary sides of sites where different cell layers adhere to each other, such as the attachments of the embryonic muscles to the epidermis. While there is suggestive evidence that the PS integrin-mediated adhesion is via the extracellular matrix, it is also possible that it occurs through the direct interaction of the two integrins, alpha PS1 beta PS and alpha PS2 beta PS. To help distinguish between these possibilities a comparison between the phenotypes caused by the absence of the beta PS subunit and the absence of one of the PS alpha subunits, alpha PS2, has been made. Two pieces of evidence are provided that prove that the alpha PS2 subunit is encoded by the locus inflated (if). Firstly, three new if alleles have been isolated, each of which is associated with a molecular lesion in the alpha PS2 gene, and each of which results in the complete loss of if activity. Secondly, a 39 kb fragment of genomic DNA that encompasses the alpha PS2 gene completely rescues if mutations when introduced into the germline by P- element-mediated transformation. A comparison of the null inflated phenotype with that of the locus that encodes the beta PS subunit, myospheroid (mys), reveals that while the beta PS subunit is required for the adhesion of the epidermis along the dorsal midline, the alpha PS2 subunit is not. In if mutant embryos, the muscles remain attached to the other cell layers significantly longer than in a mys mutant embryo. This shows that the alpha PS2 beta PS integrin only contributes part of the adhesive activity at the sites of PS integrin adhesion, and rules out a model where PS integrin function occurs solely by the direct interaction of the two PS integrins.

Le risque de faire une erreur en interprétant à tort un mot vide est faible car les définitions relatives aux mots vides ont été examinées et trois d’entres-elles ont été invalidées comme illustré dans le Tableau 29.

Tableau 29 Mots vides : définitions invalidées

Les définitions relatives aux mots vides et qui ne sont pas crédibles ont été désactivées.

Label

Gène

be

tumor(3)be (tu(3)be)

do

pale ocelli (po)

in

inturned (in)
3.Utilisation du contexte pour détecter les reconnaissances redondantes

Il est fréquent de voir un auteur apporter des précisions sur la terminologie en donnant pour le même gène, dans la même phrase et l’un à la suite de l’autre, deux de ces labels. Typiquement, la première occurrence donne le nom complet et la seconde le symbole, ce dernier étant placé entre parenthèses. Dans ce cas, nous dirons que la deuxième reconnaissance est redondante. Le voici illustré dans l’exemple 83.

Exemple 17 Les reconnaissances redondantes.

Le gène decapentaplegic (dpp) est reconnu deux fois dans cette phrase, une première fois par le label decapentaplegic, puis une deuxième fois par le label dpp. La deuxième reconnaissance est dite redondante car elle suit immédiatement la première.

The decapentaplegic (dpp) gene in Drosophila melanogaster encodes a TGF- beta-like signalling molecule that is expressed in a complex and changing pattern during development.

Il est important de savoir repérer ce type de reconnaissance pour l’extraction d’information sur les interactions génétiques. En effet, il ne faudrait pas considérer les deux occurrences consécutives comme des partenaires d’une éventuelle interaction. Les reconnaissances redondantes ne seront pas prises en compte dans la recherche de partenaires.

La redondance est un phénomène très fréquent. Dans l’échantillon A, 109 reconnaissances sur 1417 (soit 8 %) sont redondantes. Cela correspond à 62 résumés soit 52 % des 112 résumés que compte l’échantillon A.
4.Utilisation du contexte pour valider les définitions crées pour anticiper les variations orthographiques des labels

Nous avons vu que le dictionnaire des gènes n’est pas complet. Nous l’avons complété automatiquement en ajoutant des définitions qui sont des variantes des définitions originales. Ce processus peut malheureusement conduire à créer de nouvelles difficultés en introduisant des labels ambigus c’est à dire qui désignent éventuellement autre chose qu’un gène dans les textes que nous analysons. Le Tableau 30 donne des exemples de définitions qui ne sont pas correctes, car les labels sont ambigus.

Tableau 30 Invalidation des variantes non confirmés

Les définitions créées automatiquement et qui ne sont confirmés dans aucun des textes sont présentées ici. La dernière colonne donne le nombre d’occurrence du label dans les textes. Le tableau complet, obtenu par l’analyse automatique de 744 résumés issus de Medline compte 137 lignes. Il est clair que ces définitions ne doivent pas être prises en compte.

Label

Gène

Fréquence

to

Superoxide dismutase (Sod)

205

is

Isis (Is)

177

D

dachs (d)

69

C

curved (c)

62

on

Open (On)

37

large

Large (Lg)

34

bristle

Bristle (Bl)

23

set

Set

18

AS

ascute (as)

17

T

tan (t)

17

margin

Margin (Mar)

14

G

garnet (g)

12

viability

Ribosomal protein L36 (RpL36)

11

lethals

LETHALS

10

open

Open (On)

10

P

pink (p)

10

Il est nécessaire de valider, d’une façon ou d’une autre, les définitions que nous avons rajoutées au dictionnaire. Nous avons choisi de désactiver les définitions qui ne sont confirmées dans aucun des 744 résumés que nous avons analysés.
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