Bulletin des BioTechnologies Septembre 2002








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La Vie des Sociétés


122. Bayer va vendre sa filiale Haarmann & Reimer de parfums et arômes pour ¤1,66 millard au Northern Europe Private Equity Funds (Fondation Wallenberg) pour réduire ses dettes. La firme sera fusionnée avec Dragoco (toutes deux sont localisées à Holzminden en Allemagne). Cette fusion est soumise à l'agrément des autorités antimonopoles européennes. Bayer Press Release (17JUL02).

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123. Applied Biosystems Group et Spotfire, un fournisseur de logiciels analytiques ont signé un accord pour intégrer les logiciels d'Applied Biosystems destinés à analyser les profils d'expression issus des expériences utilisant les réactifs ICAT™ dont celles de chromatographie liquide multidimensionnelles.

Mis sur le marché en Février, le logiciel Pro ICAT permet, en principe, une identification et une quantification automatique de produits biologiques complexes analysés par spectrométrie de masse tandem. ICAT™ ( Isotope-Coded Affinity Tag) est issu des travaux de R Aebersold et M Gelb de l'University of Washington. Applied Biosystems Press Release (15JUL02).

La société lance un programme à façon pour le génotypage SNP et l'analyse de l'expression génique et annonce la disponibilité de 77 000 kits de SNPs. Applied Biosystems Press Release (10JUL02). Il utilise les données de Celera Genomics, du SNP Consortium, du National Center for Biotechnology Information (NCBI), et de la base de données SNPs japonaise. Chacun utilise des informations provenant de l'ADN de 90 individus de deux populations distinctes. Voir www.allsnps.com. pour de plus amples informations.

La firme dispose de 4400 kits d'analyse de l'expression génique et utilise 15 000 transcrits bien caractérisés provenant de la base de données Reference Sequence du National Center for Biotechnology Information (NCBI). Voir www.appliedbiosystems.com. pour de plus amples informations.

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124. Diversa et DuPont Bio-Based Materials ont entamé une coopération multiprojets pour découvrir de nouveaux outils microbiens ou enzymatiques pour la production de produits à haute valeur ajoutée.

Le premier projet envisagé n'est pas précisément dans ce cas, car il porte sur la fourniture aux meilleures conditio d'intermédiaires carbohydrates pour la production microbienne de 1,3 propanediol, lui-même intermédiaire dans la production de la fibre Sorona® 3GT. Diversa Press Release (11JUL02).

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125. Diversa a obtenu du programme "Genomes to Life" du Department of Energy, un contrat de 3,3 millions de dollars pour la recherche de procédés biologique de détoxication rentables en se basant sur les réactions des microorganismes à diverses substances toxiques et en en déduisant des procédés utilisables pour éliminer la toxicité de sites fortement pollués.

La toxicité sera détectée par l'induction de stress chez des bactéries indicatrices. Diversa Press Release (23JUL02).

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La Politique


126. L'administration Bush demande aux sociétés de biotechnologies végétales de publier volontairement, et au fur et à mesure qu'elles sont acquises, les données de sécurité de leurs produits en développement, plus particulièrement sur les protéines introduites (toxicité, dont allergénicité). Ceci n'est demandé que dans le cas où la protéine n'a pas encore été étudiée dans une autre plante transgénique. La FDA est chargée de collecter ces données. Cette base de données servirait aux cultivateurs pour les informer sur la sécurité de ces produits, quand ils sont présents de façon intermittente et à faible concentration comme c'est le cas lors des présences accidentelles dans des lots. Evidemment les "verts" locaux sont mécontents. E Check; Nature 418 (08AUG02) 571.

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128. Les américains font le forcing pour faire accepter leurs maïs transgéniques par les pays pauvres en situation de disette comme c'est le cas pour l'Afrique méridionale. Certes, le Zimbabwe a finalement accepté plus ou moins d'en importer, après avoir longtemps refusé pour pallier les effets des carences locales. Zambie, Namibie et Mozambique refusent, pour l'instant, ces importations et le Malawi, Lesotho et Swaziland ont accepté. Mais il faut distinguer les prêts destinés aux achats (des trois premiers pays cités) de l'aide gratuite (fournie aux trois derniers).

Les crédits d'aide américains doivent, en effet, être consommés aux Etats-Unis, où il est devenu impossible (sauf pour le marché "biologique") de séparer les récoltes génétique modifiées des classiques, d'autant que les autorités et les fermiers n'y voient aucun intérêt, vu le coût. Trouver un pays donateur qui veut abandonner cette règle simple n'est pas des plus faciles (les contribuables!!!) et pourtant le pourcentage des revenus des fermiers qui en seraient affecté est négligeable par rapport aux montagnes d'aides à l'agriculture dispensées par les gouvernements. C'est donc surtout une affaire de politique intérieure des donateurs.

Les querelles nous séparant des américains sur ces cultures ont, donc, un effet dramatique sur la nourriture de ces pays. En effet, les Etats-unis fournissent 60% de l'aide alimentaire.

Les gains de productivité des pays développés viennent renforcer les surplus, déprimant les prix des céréales sur le marché. Donc, transgénique ou pas, toute aide aux pays pauvres les nourrit, mais déprime les prix de leurs propres récoltes (cercle vicieux bien connu). La contribution des cultures transgéniques à l'éradication de la faim est surtout destinée à faciliter la vie des fermiers des pays riches qui vont ensuite demander aux gouvernements de bien vouloir exporter. Assistez à une réunion de céréaliers et demandez leur ce qu'ils pensent à ce sujet.

Un autre problème est l'utilisation inévitable du maïs comme semence, introduisant ainsi les transgènes dans la nature sans aucun contrôle par les autorités. Seule l'Afrique du Sud assure officiellement celui-ci. Le problème est surtout important pour plusieurs petits pays qui cultivent des marchés de niche pour les consommateurs européens refusant les cultures transgéniques. Il faudrait donc leur laisser des portes ouvertes.

Une des solutions est de n'exporter que des farines de maïs, mais cela ajoute 20% au prix, comme les crédits d'aide sont libellés en dollars, cela revient à abaisser l'aide en volume d'autant.

Certains experts suggèrent d'échanger le maïs américain pour des maïs non transgéniques provenant de pays prêts à accepter, pour compenser, les OGMs américains comme l'Afrique du Sud et l'Inde. Certaines ONGs poussent dans ce sens, mais les discussions tournent essentiellement entre partenaires nantis et les déficits alimentaires ne permettent pas d'attendre. Un indice des difficultés engendrées est le fait que le programme "World Food Programme" des Nations Unis n'a reçu des nations participantes qu'un quart des 507 millions de dollars dont il a besoin. Nature 418 (08AUG02) 569 et N McDowell, p.571-572.

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129. Une revue sur la nature du bioterrorisme est parue avec MA Hamburg; Trends in Biotechnology 20 (JUL02) 296-298.

Le problème de ce type de terrorisme est que l'accès à des agents dangereux est relativement simple. De plus, l'on ne décèle une telle attaque bien après que les germes aient déjà commencé à se répandre et à manifester leur nocivité. Il sera, dans ces conditions, difficile de localiser le site d'introduction, car les instruments de dissémination ne sont pas élaborés et les effets à retardement.

La guerre biologique n'est nullement une originalité récente, et la pratique de catapulter des victimes de la peste chez l'ennemi lors d'un siège est décrite dans les livres d'histoire.

Les traités ne sont pas une précaution bien utile. La convention sur les armes biologiques date de 1972, et l'Union Soviétique, un des signataires, a accumulé, après signature, d'énormes quantités d'armes biologiques (des tonnes de bacilles du charbon de variole, etc…). Des groupes incontrôlés comme la secte Aum qui s'est rendue responsable de l'attaque au sarin dans le métro de Tokyo a expérimenté des armes biologiques, et recherché à se procurer, au Zaïre, du virus Ebola.

Les agents sont nombreux, mais une liste A contient ceux dont l'usage est le plus probable, compte tenu des connaissances actuelles et des informations récoltées. Un des éléments importants est que l'agent utilisé ne doit pas être normalement présent dans le site attaqué, sinon une certaine immunité sera répandue. C'est aussi un élément de diagnostic d'une attaque.

Les agents pourraient être endurcis pour limiter l'effet d'antibiotiques par exemple, ou "armés" pour être plus facile à répandre. C'était le cas, si je ne me trompe, pour le bacille du charbon de l'attaque énigmatique après le 11 Septembre aux Etats-Unis.

La rapidité du diagnostic est un élément essentiel des contre-mesures et des services épidémiologiques performants sont une clé du succès. La rapidité de la distribution des informations ainsi collectées est un complément indispensable. C'est souvent cette étape qui fait défaut dans une collecte du renseignement, souvent à cause de l'abondance des données qui noyent celles qui sont intéressantes.

Le stockage des antidotes disponibles et leur distribution organisée est à prévoir. Ils ne seront certes pas disponibles directement et devront être distribués dans la mesure où on ne peut prévoir où l'attaque aura lieu . Il serait , d'ailleurs, dispendieux et inutile que chaque ville possédât son propre stock. Les Etats-Unis ont la chance de disposer des Centers for Diseases Control and Prevention qui ont hérité de cette fonction. Voir le paragraphe suivant pour les décisions prises et les projets immédiats.

La disponibilité de souches potentiellement agressives est d'ores et déjà restreinte, mais des stocks existent ailleurs que dans les laboratoires autorisés, et ceci va créer des difficultés inévitables pour la recherche et il faudra penser à optimiser le rapport sécurité/disponibilité dans ce domaine.

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130. On trouvera dans T Palmore et al.; ASM News 68 (AUG02) 375-382, une mise au point sur la stratégie américaine (en l'occurence du NIAID, National Institute of Allergy and Infectious Diseases) de lutte contre les attaques biologiques. La liste des agents prioritaires (liste A, B et C) de bioterrorisme, établie par les CDC (Centers for Disease Control and Prevention) dont il faut se préoccuper et des programmes sur les moyens de lutte à lancer a été établie en Février. Elle comporte à la fois les agents de bioterrorisme et ceux des maladies émergentes.

Deux documents ont été publiés. La liste A comprend six agents : la variole, le charbon la peste, la tularémie, le botulisme et les fièvres hémorrhagiques virales, plus une série d'agents potentiels très divers.

Les recherches microbiologiques vont porter sur les éléments de ces listes et devraient être évidemment tournées vers les facteurs de virulence et les mécanismes de pathogenèse. The Institute for Genomics Research (TIGR), devrait participer, avec l'aide du NIAID, au séquençage de plusieurs souches de Bacillus anthracis de façon à pouvoir comparer séquence, virulence et préparer des kits de diagnostic. Les structures des trois éléments de la toxine ont été récemment établies. Une stratégie d'antitoxines (antidotes voir le Bulletin d'Août §84, et plus haut)

Une deuxième catégorie de recherches va porter sur les mécanismes de défense de l'hôte humain et notamment sur les défenses immunes (innées ou adaptatives) avec les conséquences souvent plus destructrices que l'infection elle-même.

La stratégie vaccinale et la constitution de stocks de vaccins face à une attitude très attentiste du privé dans ce domaine est élaborée, et les productions, dans certains cas accélérées. En tous cas des progrès collatéraux dans la production de vaccins est attendue

Une initiative intéressante est la mesure des effets de dilutions sur l'activité du virus vaccinal Dryvax pour voir jusqu'on peut aller dans ce sens contre la variole. Il semble que les doses peuvent être diluées 5 à 10 fois, ce qui rend les stocks actuels suffisants en urgence. Fin 2002, plus de 155 millions de doses préparées en cultures cellulaires et vérifiées par Acambis/Baxter seront disponibles (plus 75 millions de doses de Pasteur-Aventis) . Pendant ce temps une amélioration de l'efficacité et une plus grande sureté seront recherchées.

Des vaccins contre le charbon à base de l'antigène protecteur recombinant (Voir le Bulletin de Novembre 2001 §68, Février §73, Mars §103, Mai §89, etc…) et contre le virus Ebola vont entrer en essais cliniques, les essais sur primates étant positifs.

Les recherches thérapeutiques financées par le Department of Defense, le CDC et le NIAID portent sur le criblage d'antiviraux contre les orthopoxvirus (variole). Un exemple est le cidofovir avec des dérivés oraux qui protègent contre une agression par aérosol sur la souris dans le cas de la vaccine. .

L'utilisation d'antitoxines est illustrée par celle d'un mutant dominant de l'antigène protecteur qui sert de leurre pour la toxine qui ne peut alors plus pénétrer dans la cellule. voir le Bulletin d'Août §84).

En ce qui concerne le diagnostic le développement de réseaux ADN de détection rapide est en cours, complété par des techniques comme la capture d'antigènes et des analyses RFLP des suspects pour déceler rapidement s'ils ont été manipulés.

Un des problèmes majeurs rencontrés est le manque d'infrastructures comme le P4 de Lyon en France. Elles sont nécessaires aux essais d'aérosols, entre autres. Une nouvele installation, la quatrième seulement, vient d'être mise en service. Une dizaine, au total, sont planifiées.

Un autre problème est une pénurie de chercheurs compétents du fait des restrictions sur les souches et les informations pertinentes. On manque, par exemple, de spécialistes confirmés de Francisella tularensis, l'agent de la tularémie. L'attention a surtout été focalilsée sur le SIDA ou le paludisme. Il y avait un million de cas de SIDA aux Etats-Unis, et seulement 9 de peste. Les scientifiques en ont tiré les conclusions. Plusieurs Regional Centers of Excellence for Biodefense and Emerging Diseases Research, rassemblant les compétences sont en cours de constitution et devrait alléger les problèmes de dispersion et de logistique insuffisante.

L'implication de l'industrie surtout concernée par ses bilans trimestriels laisse à désirer. Elle fait valoir les énormes coûts de la recherche dans ce domaine avec des produits qui ne serviront peut-être jamais. En effet si on prend le cas de la vaccine, le nombre de doses étant suffisant faut-il réellement vacciner et dans quelles circonstances ?

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