Programme Lundi 20 Octobre 2014








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titreProgramme Lundi 20 Octobre 2014
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SESSION 3


SESSION 3

L’île de Bagaud, située dans le Parc national de Port-Cros, abrite de nombreuses espèces patrimoniales. La biodiversité de cette île est menacée par la présence de plusieurs taxa invasifs, le Rat noir Rattus rattus et les Griffes de sorcière, Carpobrotus sp.. Afin d’améliorer l’état de conservation de l’île, le Parc a initié, en 2010, un programme de restauration écologique, dont l’objectif est d’éliminer ces taxa. Grâce à l’association de partenaires scientifiques, ce programme vise également à acquérir des données originales et appliquées sur la restauration écologique des systèmes insulaires méditerranéens envahis. En effet, les éradications sont associées à un suivi scientifique rigoureux, afin d’obtenir des données précises sur les effets de telles opérations sur la faune et la flore indigènes. La première phase du programme (2010-2011) a consisté en un suivi scientifique pré-éradication (état-zéro) sur un panel de taxons indigènes : flore, insectes, reptiles et oiseaux. Les éradications des taxa invasifs composent la seconde phase, qui s’est déroulée en 2011 et 2012. La troisième phase a débuté mi-2012 et se prolongera jusqu’en 2019. Elle comprend les suivis scientifiques post-éradications et les contrôles de ré-invasion des différents taxa. Les méthodes d’éradication et les premiers résultats (flore, insectes, reptiles et oiseaux), encourageants, seront présentés. Par exemple, les anciennes stations de Carpobrotus sp. sont recolonisées par les espèces indigènes (e.g. Lotus cytisoides). La population de Puffin yelkouan (Puffinus yelkouan) présente un meilleur succès de reproduction, dû à l’absence de prédation de Rattus rattus sur les œufs et les poussins.

Evangelista C1,2, Lecerf A3,4, Cucherousset J1,2

1CNRS, Université Paul Sabatier, ENFA, UMR 5174 EDB, Toulouse, France

2 Université Toulouse 3 Paul Sabatier, CNRS, UMR 5174 EDB, Toulouse, France

3UPS, INP, EcoLab, Université de Toulouse, Toulouse, France

4CNRS, EcoLab, Toulouse, France


O3 – Conséquences ecologiques de la spécialisation trophique chez une espèce invasive opportuniste

SESSION 3


SESSION 3

Malgré l’importance de la spécialisation individuelle (SI) dans les populations naturelles, ses conséquences écologiques et évolutives au sein des populations invasives restent largement méconnues. Ici, nous avons tester expérimentalement si la SI pouvait moduler les effets indirects d’une espèce invasive sur le fonctionnement des écosystèmes, via une modification du recyclage des nutriments (excrétion et égestion). Des individus de perches soleil (Lepomis gibbosus) ont été nourris selon un plan factoriel comprenant un traitement "niveau de specialisation" (faible = généraliste, moyenne = intermédiaire et forte = spécialiste) et un traitement "qualité de la ressource trophique" à trois modalités. Les résultats ont démontré que SI pouvait modifier significativement les performances individuelles (croissance) ainsi que les taux d'excretion (phosphate, amonium et carbone organique dissous). Plus particulièrement, il a été constaté une augmentation des taux d'excrétion lorsque SI augmentait. Cependant, les effets de SI sur le fonctionnement de l'écosystème (production primaire, décomposition de la matiere organique, respiration, biomasse fongique) étaient modérés. En conclusion, cette étude a mis en évidence la nécessité de prendre en compte la variabilité intra spécifique afin de mieux appréhender les impacts des invasions biologiques à différents niveaux d'organisation biologique.


Zarzoso-Lacoste D1,2,3, Bonnaud E4, Corse E1,5, Gilles A1,5, Costedoat C1,5, Lorvelec O6, Pascal M6, Gouni A7, Millon A1,2, Vidal E1,8

1 UMR IMBE Université/CNRS/IRD/UAPV, Aix-Marseille, France

2 Bâtiment Villemin, Domaine du Petit Arbois, Aix-en-Provence Cedex, France 3Université Rennes 1, UMR CNRS Ecobio, Rennes, France

4 Unité Ecologie, Systématique et Evolution, Université Paris-Sud 11, UMR - 8079 UPS-CNRS-AgroParisTech, Orsay, France

5 Centre Saint Charles, Place Victor Hugo, Marseille, France

6 INRA Écologie des Invasions Biologiques, UMR 0985 Écologie et Santé des Écosystèmes, Rennes, France

7 Société d’Ornithologie de Polynésie “Manu,” Taravao, Tahiti, Polynésie Française

8 Centre IRD de Nouméa, Nouméa, Nouvelle-Calédonie



O4 – Vers une meilleure compréhension des interactions trophiques directes et indirectes entre prédateurs invasifs et espèces natives au sein des écosystèmes insulaires

SESSION 3


SESSION 3

Les prédateurs introduits, tels que les chats (Felis silvestris catus) et les rats (Rattus spp.), sont responsables de nombreuses raréfactions et extinctions d'oiseaux insulaires. Les analyses de régime alimentaire constistuent l’approche la plus utilisée pour évaluer l’impact de ces prédateurs sur les populations d’oiseaux insulaires. Dans cette étude, une analyse détaillée du régime alimentaire de trois prédateurs invasifs (R. exulans, R. rattus et F. s. catus) et d’un oiseau en danger critique d’extinction, le Martin-chasseur des Gambier (Todiramphus gambieiri), a été réalisée en combinant la méthode d’analyse morphologique classique et une méthode moléculaire développée dans le cadre de ce travail et basée sur l’amplification de l’ADN de proies cibles dans les échantillons alimentaires de prédateurs. L’étude comparée des performances de ces deux méthodes a mis en évidence la puissance de la dernière dans la détection et l’identification des espèces d’oiseaux consommés par les chats et les rats de l’atoll de Niau (Polynésie Française), soulignant l’interet de son utilisation dans les études menées en conservation. L’étude des interactions trophiques directes (par prédation) et indirectes (par compétition alimentaire) entre ces prédateurs invasifs et cet oiseau natif a montré un très faible impact sur le Martin-chasseur par prédation, mais un fort potentiel de compétition alimentaire avec les 2 Rattus sp., en particulier pour les lézards Scincidae et certains arthropodes terrestres, pouvant fortement affecter le succès reproducteur et la survie de cet oiseau pendant sa période de reproduction. Enfin, des perspectives de conservation du Martin-chasseur sont proposées et discutées à la lumière de ces résultats.

Galan M1, Razzauti-Sanfeliu M1, Bernard M2, Charbonnel N1, Brouat C1, Tamisier L1, Desclaux A1, Cosson J-F1

1 CBGP (UMR INRA / IRD / Cirad / Montpellier SupAgro), Campus de Baillarguet, Montpellier, France

2 GABI, Sigenae, Domaine de Vilvert, Jouy-en-Josas, France


O5 – Utilisation de la metagenomique 16s pour la surveillance de l’emergence de zoonoses bacteriennes dans les populations animales
Depuis plus de 10 ans, les technologies de séquençage haut-débit de nouvelle génération (NGS : Next-Generation Sequencing) ont permis un bond phénoménal dans l’accès aux données de génomiques et transcriptomiques. Ces technologies permettent d’obtenir en quelques heures/jours plusieurs millions de séquences clonales pour des coûts relativement accessibles. En particulier, ces caractéristiques ont permis des avancées remarquables dans la description de la diversité des communautés bactériennes pour des échantillons environnementaux. La stratégie la plus efficace repose sur l’amplification par PCR et le séquençage NGS d’un code-barre moléculaire, une région du gène codant pour l’ARN ribosomique 16S universel chez les bactéries. Nous avons détourné cette approche, appelée métagénomique 16S, pour cribler sans a priori des genres bactériens potentiellement responsables de zoonoses dans des populations naturelles d’animaux. Nous avons adapté le protocole de Kozich et al. (2013) permettant d’indexer et de multiplexer plusieurs centaines d’échantillons sur séquenceur MiSeq (Illumina). Plusieurs populations de rongeurs et de tiques, connues pour être réservoirs de zoonoses et provenant d’Europe, d’Asie et d’Afrique ont été criblées pour la région V4 de l’ARNr 16S. Une stratégie de filtration et de validation des taxons bactériens a été élaborée pour garantir la qualité des résultats. Grace à cette approche, de nombreuses bactéries zoonotiques des genres Bartonella, Borrelia, Anaplasma, Ehrlichia, Orientia, Ricketsia, Leptospira, Mycoplasma, etc … ont été mise en évidence. On observe des niveaux de prévalence variables selon les populations, ainsi qu’un fort taux de coinfection chez les tiques et les rongeurs.


SESSION 3


SESSION 3




Cosson J-F1, Galan M1, Tamisier L1, Bâ K2, Brouat C1, Charbonnel N1

1 CBGP (UMR INRA / IRD / Cirad / Montpellier SupAgro), Campus de Baillarguet, Montpellier, France

2 CBGP (UMR INRA / IRD / Cirad / Montpellier SupAgro), Campus ISRA/IRD de Bel Air, Dakar, Sénégal


O6 – Invasion de la souris domestique au Senegal et risque d’émergence de zoonose bactériennes
Les rongeurs invasifs sont responsables de l’extension de zoonoses majeures dans leurs aires d’introduction. Différents mecanismes liés à l’invasion, comme les modifications physiologiques et génétiques sur les voies d’invasion, le changement des communautés microbiennes, des spectres d’hôtes, des interactions entre pathogènes et symbiontes peuvent avoir des conséquences sur la dynamique de la transmission et favoriser leur émergence. Notre étude s’intéresse à l’invasion actuellement en cours au Sénégal, d’une espèce envahissante majeure: la souris domestique Mus musculus domesticus. Grâce à une méthode dérivée de la métagénomique 16S (Galan et al, cette session), nous avons caractérisé les communautés bactériennes de la rate de centaines de souris collectées dans différentes localités du Sénégal choisies sur un gradient d’invasion. Nous avons révélé de nombreuses bactéries zoonotiques (Borrelia, Ehrlichia, Mycoplasma, Orientia …) dont certaines jusqu’alors inconnue en Afrique de l’Ouest. Les prévalences de certaines bactéries sont parfois élevées et très variables selon les localités. De nombreux cas de coinfections sont observés. Les communautés bactériennes varient le long de la voie d’invasion. L’étude des mécanismes soujacents à ces modifications est en cours, notamment les interactions avec les communautés bactériennes des rongeurs natifs, les opportunité de passage de barrière d’espèce et les modifications des compromis entre immunité et démographie chez la souris domestique. Enfin, notre étude suggère que la surveillance de certaines zoonoses bactériennes peu connues voire inattendues en Afrique de l’Ouest (Orientia, Ehrlichia, Mycoplasma) mériterait d’être entreprise dans les populations humaines.


SESSION 3


SESSION 3



Simard F1, Paupy C1, Roiz D1, Ayala D1, Fontenille D1

1UMR MIVEGEC, IRD, Montpellier, France


O7 – Aedes albopictus dans l’Océan Indien : Dynamique de l’Invasion et Conséquences Epidemiologiques pour la Transmission d’Arbovirus

SESSION 3


SESSION 3

Depuis la fin du siècle dernier, le moustique Tigre Aedes (Stegomyia) albopictus a envahi la plupart des continents à la faveur de la mondialisation des échanges commerciaux. Originaire d’Asie, l’espèce est maintenant présente quasiment partout dans la zone intertropicale et colonise de nouveaux environnements en zone tempérée. Dans l’Océan Indien, où le moustique est connu de longue date, de nouvelles vagues d’invasion ont remplacé les populations plus anciennes, et déplacent les populations autochtones d’Aedes aegypti. Extrêmement agressif pour l’homme et adapté à l’environnement urbain, ce moustique est un excellent vecteur de divers arbovirus dont les virus de la Dengue et du Chikungunya, historiquement transmis à l’homme par Ae. aegypti. Les conséquences de cette dynamique des populations vectorielles sont majeures pour l’épidémiologie des maladies transmises. Un tel contexte entomologique est en particulier propice à l’émergence de nouveaux variants viraux à fort potentiel épidémique. L’épidémie de fièvre à virus Chikugunya qui explosa à La Réunion en 2006 en est un exemple concret. Ces virus, adaptés à un vecteur urbain invasif, peuvent alors rapidement être transportés d’un bout à l’autre de la planète par une personne infectée. En France métropolitaine, les nombreux cas de Dengue et de Chikungunya importés dans les villes et régions où Ae. albopictus est implanté génèrent un risque réel d’émergence d’une transmission autochtone. Les enjeux pour la santé, mais aussi l’économie et le tourisme sont énormes.



Vourc’h G1, Marsot M1,2 ,*, Jacquot M1, Pisanu B2, Gasqui P1, Abrial D1, Bord S1, Bailly X1 & Chapuis J-L2

1 INRA, Unité d’Epidémologie Animale, Saint Genès Champanelle, France

2 MNHN, Centre d’Ecologie et des Sciences de la Conservation,Paris, France

* Adresse actuelle : Univiersité Paris-Est ANSES, Laboratoire de Santé Animale, Unité Epidémiologie, Maisons-Alfort, France


O8 – L’introduction de l’écureuil de Corée (Tamias sibiricus) en Ile-de-France : rôle dans le risque de transmission de la borreliose de Lyme en Forêt de Sénart

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