Proposition de stage dans le cadre des master 2ième annee








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date de publication18.11.2017
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PROPOSITION DE STAGE DANS LE CADRE DES MASTER 2ième ANNEE
Titre du stage :

Etude du polymorphisme adaptatif du gène codant pour la phosphoglucomutase chez l’huître du Pacifique Crassostrea gigas.
Nom du maître de stage :

TANGUY ARNAUD
Coordonnées du maître de stage :
Equipe "Evolution et Génétique des Populations Marines"

UMR 7144

Station Biologique, BP. 74, Place Georges Teissier,

29682 Roscoff France

Tel +33 2 9829 2367

Fax +33 2 98. 29 23.36

mailto:atanguy@sb-roscoff.fr
Description et objectifs scientifiques du stage :
La Phosphoglucomutase (PGM) est un enzyme clé du métabolisme de la glycolyse et a fait l’objet de nombreux travaux chez les vertébrés mais également les invertébrés mais peu de données moléculaires sont paradoxalement disponibles et ce, particulièrement chez les organismes marins en dépit de l’importance de cet enzyme comme marqueur génétique dans des études de génétique de populations et de sélection. Les études d’évolution réalisées sur la PGM montrent que l’histoire évolutive de ce gène est complexe et marquée par des duplications et des translocations. Chez les espèces marines, les études concernant la PGM sont essentiellement basée sur les allozymes et à présent, seule une séquence nucléique est disponible chez Crassostrea gigas (Tanguy et al., soumis). Les travaux allozymiques font néanmoins clairement apparaître des phénomènes de selection allélique en relation avec des stress environnementaux tels que les métaux lourds ou encore des composés de types xénobiotiques. L’objectif de ce stage est de caractériser les séquences nucléotidiques des différents allèles de la PGM et de rechercher des signatures moléculaires de polymorphismes adaptatifs. Une étude en populations naturelles sera également réalisée afin de déterminer l’existence potentielle de relation entre structure génétique (basée sur le locus PGM) et paramètres environnementaux. Ce travail s’inscrit dans le cadre d’un programme financé par le BRG.

Moyens mis à disposition de l’étudiant :
Laboratoire de biologie moléculaire complet

Plateforme de séquençage

Structure informatique pour les analyses de données.
Quelques références bibliographiques sur le sujet :
Akashi, H., and A. Eyre-Walker, 1998 Translational selection and molecular evolution. Curr. Op. Genet. Dev. 8: 688-693.

Duret, L., 2002 Evolution of synonymous codon usage in metazoans. Curr. Opin. Genet. Dev. 12: 640-649.

Duret, L., and D. Mouchiroud, 1999 Expression pattern and, surprisingly, gene length shape codon usage in Caenorhabditis, Drosophila, and Arabidopsis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96: 4482-4487.

Verelli BC, Eanes WF (2000) Extensive anmino acid polymorphism at the Pgm locus id consistent with adaptaive protein evolution in Drosophila melanogaster Genetics 156, 1737-1752.
Possibilité de poursuite en thèse :
NON

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