Titre du stage : Distribution de la biodiversité en milieu urbain, aspects écologiques et sociétaux








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Spécialité Ecologie, Biodiversité et Evolution

Proposition de stage de M2 RECHERCHE

Année 2009/2010
Stage d’Iris PETITJEAN
Titre du stage : Distribution de la biodiversité en milieu urbain, aspects écologiques et sociétaux
Laboratoire d’accueil : CERSP
Responsable du stage :

Nom : Assaf Shwartz et Romain Julliard

Tél : 01 40 79 53 56

Fax : 01 40 79 38 35

Email : shwar.a@mail.huji.ac.il / julliard@mnhn.fr
Références dans le domaine :


  • Jiguet F. & Julliard R. 2006. Inferences from common species communities for selecting conservation areas. Biodiversity and Conservation. 15: 799-815.

  • Shwartz, A., Shirley, S.  and Kark, S., 2008. How do habitat variability and management regime shape the spatial heterogeneity of birds within a large Mediterranean urban park? Landscape and Urban Planning 84: 219-229.

  • Julliard, R. Clavel, J. Devictor, V. Jiguet, F. Couvet, D. 2006. Spatial segregation of specialists and generalists in bird communities. Ecology Letters. 9 : 1237–1244.

  • Filippi-Codaccioni, O., Clobert, J., Julliard, R. 2008. Effects of age and intensity of urbanization on farmland bird communities. Biological Conservation. 141: 2698-2707.

  • Kerbiriou K., LeViol I., Robert A., Porcher E., Gourmelon F. Julliard R. 2009. Tourism in protected areas can threaten wild populations: from individual response to population viability of the chough Pyrrhocorax pyrrhocorax. Journal of Applied Ecology 46: 657–665.



Description du stage (1 page maximum)



Au cours des deux dernières décennies, la conservation de la biodiversité a attiré une attention croissante et est devenue l’un des principaux piliers de la qualité de l’environnement. Aujourd’hui, les écologistes et les naturalistes sont d’accord qu’une prise en compte des environnements les plus perturbés tels que les milieux urbains est également importante. De nombreuses études portant sur les parcs urbains ont montré que ces milieux peuvent soutenir la biodiversité. Les scientifiques et naturalistes s’accordent pour dire que le potentiel de la biodiversité urbaine est à la fois de conserver la nature et de promouvoir le bien-être humain. Toutefois, le rapport entre les espaces verts (petits parcs) dans la ville et la biodiversité n’est pas encore clair, ni dans quelle mesure ces espaces verts peuvent permettre à la nature et à l’homme d’interagir. Dans cette étude, nous explorons la façon dont les citadins et la nature interagissent au sein de petits jardins dans la ville de Paris. Nous sommes particulièrement intéressés de voir s’il existe une relation entre la biodiversité des jardins et le niveau social du quartier. Est-ce que les personnes de milieux favorisés vivent plus proches de la biodiversité que celles d’autres catégories sociaux-professionnelles ?

C’est la raison pour laquelle nous menons une enquête sur les oiseaux, les papillons et les insectes pollinisateurs dans 36 jardins à travers Paris (échantillonnages menés en 2008, avec de 5 à 8 passages par jardin et par taxon). Les jardins retenus se distinguent par de nombreuses variables sociales et écologiques. Pendant son Master, l’étudiant utilisera des méthodes statistiques pour identifier la diversité en oiseaux, papillons et pollinisateurs à Paris puis chercher dans quelle mesure les caractères écologiques et sociaux peuvent expliquer la variance de la diversité des espèces.
Veuillez effacez les phrases inutiles



    • Ce stage ne se poursuivra pas par une thèse


Spécialité Ecologie, Biodiversité et Evolution

Proposition de stage de M2 RECHERCHE

Année 2009/2010
Stage d’Alexandre JAILLON

NB : remarque faite à l’étudiant en début de stage : attention à ce que les aspects "sciences sociales" ne l'emportent pas
Titre du stage : Quel lien peut-on trouver entre la biodiversité et la gestion des jardins dans Paris? Comment la participation à un programme de conservation de la biodiversité influence la perception de cette biodiversité par les jardiniers et les citadins?
Laboratoire d’accueil : CERSP
Responsable du stage :

Nom : Assaf Shwartz et Romain Julliard

Tél : 01 40 79 53 56

Fax : 01 40 79 38 35

Email : shwar.a@mail.huji.ac.il / julliard@mnhn.fr
Références dans le domaine :

  • Bjurlin, C. D. and B. L. Cypher (2005). "Encounter frequency with the urbanized San Joaquin kit fox correlates with public beliefs and attitudes toward the species." Endangered Species Update 22(3): 107-115.

  • Miller, J. R. and R. J. Hobbs (2002). "Conservation where people live and work." Conservation Biology 16(2): 330-337.

  • Shwartz, A., Shirley, S.  and Kark, S., 2008. How do habitat variability and management regime shape the spatial heterogeneity of birds within a large Mediterranean urban park? Landscape and Urban Planning 84: 219-229.

  • Fuller, R. A., K. N. Irvine, et al. (2007). "Psychological benefits of greenspace increase with biodiversity." Biology Letters 3(4): 390-394.

  • Clergeau, P., G. Mennechez, et al. (2001). Human perception and appreciation for birds: A motivation for wildlife conservation in urban environment of France. Avian ecology and conservation in an urbanizing world. J. H. Marzluff, B. R. and D. R. Boston, Dordrecht, London, Kluwer academic publishers: 69-89.

  • Filippi-Codaccioni, O., Clobert, J., Julliard, R. 2008. Effects of age and intensity of urbanization on farmland bird communities. Biological Conservation. 141: 2698-2707.

  • Lindemann-Matthies, P. and E. Bose (2007). "Species richness, structural diversity and species composition in meadows created by visitors of a botanical garden in Switzerland." Landscape and Urban Planning 79(3-4): 298-307.


Description du stage (1 page maximum)
Au cours des deux dernières décennies, la conservation de la biodiversité urbaine a fait l’objet d’une attention croissante. De nombreuses études portant sur les parcs urbains ont montré que ces milieux peuvent soutenir la biodiversité. Les scientifiques et naturalistes s’accordent pour dire que le potentiel de la biodiversité urbaine est à la fois de conserver la nature, les services écosytémiques, de promouvoir le bien-être humain et d’encourager les relations des gens à la nature. Bien que ces motivations soient souvent mises en avant, ces postulats ont été peu testés sur le terrain.

Dans cette étude, nous voulons explorer les interactions entre citadins, jardiniers et biodiversité au sein de petits jardins dans la ville de Paris. Quel lien peut-on établir entre la gestion de ces jardins et leur biodiversité ?
En 2009, nous avons mené une enquête sur les oiseaux, les papillons et les insectes pollinisateurs présents dans 36 jardins à travers Paris. Ces enquêtes ont pris la forme de relevés de diversité spécifique, pour les oiseaux par points d’écoute (8 réplicats temporels par jardin), et par identification photographique (de type SPIPOLL) pour les insectes.

A cela peut être ajouté un inventaire floristique de ces jardins.

Ces derniers sont classables en deux catégories : ceux faisant l’objet d’un aménagement "traditionnel", et ceux ayant intégré des directives répondant au concept de développement durable par une gestion différenciée de ces espaces. Les jardiniers ont donc été sensibilisés à la conservation de la biodiversité dans les espaces dont ils assurent l’aménagement.

L’étudiant sera amené à établir, auprès des jardiniers et sur le terrain, quelles sont leurs pratiques effectives de gestion et quelle perception ils tirent de ces pratiques vis-à-vis de la biodiversité. Ces nouvelles données, en regard avec celles de l’enquête de 2009, seront analysées statistiquement, pour mettre en évidence d’éventuels effets des pratiques de gestion des jardiniers, et de leur perception, sur la biodiversité.
L’objectif principal de ce stage de Master est de déterminer si les pratiques d’aménagement des jardins publics urbains ont une répercussion mesurable sur leur biodiversité, et si la perception de celle-ci par les jardiniers correspond à la biodiversité réelle dans ces jardins.
En parallèle, nous travaillerons avec le département des espaces verts de la mairie de Paris et le public, pour augmenter la biodiversité (oiseaux, papillons et insectes pollinisateurs) dans 6 jardins. Cela inclut la mise en place de journées d’activité au jardin à l’attention du public, pour aider les jardiniers à augmenter cette biodiversité. Ainsi, dans un second temps l’étudiant aidera à l’organisation des événements visant à augmenter la biodiversité au jardin, à la diffusion de l’information auprès du public. Enfin, il pourra suivre les gens participant à ce projet, afin de savoir de quelles manières la participation à un projet urbain de conservation de la biodiversité influence les perceptions de la nature et le bien-être du public. Pour ce faire, il utilisera principalement des questionnaires (approche quantitative).
Le but global de cette étude est d’améliorer la compréhension des interactions entre l’Homme et la biodiversité urbaine dans les milieux fortement anthropisés que sont les petits jardins publics en ville.


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    • Ce stage ne se poursuivra pas par une thèse

Spécialité Ecologie, Biodiversité et Evolution

Proposition de stage de M2 RECHERCHE

Année 2009/2010
Stage d’Hélène CHEVAL
Le projet global a pour objectif de comprendre la répartition en effectif des populations d’oiseaux en Seine et Marne. Les données utilisées sont des relevés d’abondance obtenues dans le cadre du suivi STOC, données standardisées et géo localisées. Elles sont mises en relation avec une base de données, propre à l’Ile de France, le MOS (mode d’occupation du sol) de tout le territoire Seine et Marnais. L’idée principale de ce projet de stage est de voir si les processus métapopulationnels, couramment étudiés sous forme d’occupation de patch (Hanski), ont des conséquences sur la répartition des effectifs à un instant donné (snapshot). Ainsi, le processus métapopulationnel ne sera pas perçu sous forme de patch, mais de manière plus continue. En effet, on centrera le raisonnement autour des effectifs de chaque point d’écoute, différenciant deux échelles spatiales. L’influence au niveau local (une centaine de mètres autour du point d’écoute) reflètera l’effet des caractéristiques du milieu (essentiellement le type d’habitat à travers les données d’occupation du sol) sur les effectifs. Les effets de proximité (de l’ordre du kilomètre autour du point d’écoute), tiendront compte à la fois des caractéristiques du milieu (type et quantité d’habitat, fragmentation…) et des effectifs dans les points adjacents. Les résultats statistiques à partir des observations seront appuyés par une modélisation théorique du phénomène de dispersion afin de comprendre comment ce phénomène se traduit sur les effectifs observés à un instant donné.

Spécialité Ecologie, Biodiversité et Evolution

Proposition de stage de M2 RECHERCHE

Année 2009/2010
Stage de Soizic LE SAOUT
Titre du stage : Le rôle des aires protégées dans la prévention de l’extinction des espèces à l’échelle global (The role of protected areas in preventing global species extinctions)
Laboratoire d’accueil : CEFE-CNRS – Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive, Montpellier
Responsable du stage :

Nom : Ana RODRIGUES

Tél : 04 67 61 33 07

Fax : 04 67 61 33 07

Email : ana.rodrigues@cefe.cnrs.fr
Références dans le domaine :
Rodrigues ASL, Andelman SJ, Bakarr MI, Boitani L, Brooks TM, et al. (2004) Effectiveness of the global protected area network in representing species diversity. Nature 428: 640-643. doi:10.1038/nature02422
Rodrigues A (2006) Are Global Conservation Efforts Successful? Science 313: 1051-1052.

Description du stage (1 page maximum)
Background: Protected areas are arguably the most important tool for the conservation of biodiversity. Currently, they are found in every nation of the world, and they occupy more than 12% of the planet’s terrestrial surface. Yet, despite this massive conservation effort, biodiversity continues to be lost globally. However, this does not mean that protected areas are not having an effect, as biodiversity would be declining much more if protected areas did not exist. The Sumatran rhinoceros (Dicerorhinus sumatrensis), for example, once occurred in most of Southeast Asia, from the foothills of the Himalayas to Indonesia, but today less than 300 individuals remain in a few isolated populations, mostly in primary forest within protected areas.
Objective: The aim of this project is to obtain a measure of the role of protected areas in preventing species’ extinctions at the global scale. This will provide a first approximation to the value of protected areas in reducing global biodiversity loss.
Methodology: The project will attempt to quantify how many species of birds, mammals, and amphibians currently have their global range entirely confined to protected areas, and how many of those species would have likely been extinct in the absence of such conservation efforts. This is a desk-based project that will rely on compiling and analysing data from online databases, contacting species’ experts from different institutions around the world, and on spatial analyses using Geographic Information Systems (GIS).
Requirements: Good command of the English language is essential (needed for data collection and for consulting with experts). Prior experience with Geographic Information Systems would be useful but is not required. The student must be rigorous in data collection and confident to interact with experts by email.
Application: Candidates should send a CV (max 2 pages) and a cover letter (max 1 page) to ana.rodrigues@cefe.cnrs.fr.
Other information: The project will be done in collaboration with researchers from the Centre for Applied Biodiversity Science at Conservation International (http://science.conservation.org/) and the International Union for Conservation of Nature (http://www.iucn.org/). It has a high potential for resulting in a scientific publication.


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    • Ce stage peut se poursuivre par une thèse : ce sujet sera déposé dans une école doctorale.

This project may be extended into a broader PhD project investigating the effect of conservation measures in general (not just protected areas) in global species conservation.

Spécialité Ecologie, Biodiversité et Evolution

Proposition de stage de M2 RECHERCHE

Année 2009/2010
Stage de Sandra NUSSBAUM
Titre du stage : L’effet des extinctions locales de mammifères marins sur les patrons de biodiversité à l’échelle global (Effect of local marine mammal extinctions on global biodiversity patterns)
Laboratoire d’accueil : CEFE-CNRS – Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive, Montpellier
Responsable du stage :

Nom : Ana RODRIGUES

Tél : 04 67 61 33 07

Fax : 04 67 61 33 07

Email : ana.rodrigues@cefe.cnrs.fr
Références dans le domaine :
Schipper J, Chanson JS, Chiozza F, Cox NA, Hoffmann M, Katariya V, Lamoreux J., Rodrigues ASL, et al. (2008) The status of the world's land and marine mammals: diversity, threat, and knowledge. Science 322: 225
Lotze HK, Worm B (2009) Historical baselines for large marine animals. Trends in Ecology & Evolution 24: 254-262.

Description du stage (1 page maximum)
Background: The recently published Global Mammal Assessment (Schipper et al. 2008) provided the first global picture of patterns of diversity and endemism for all known marine mammals. Yet some of these species have been hunted for centuries or even millennia, and their ranges have contracted as a result of multiple local extinctions. Examples include: 2300 years-old midden remains of Harp Seal (Phoca groenlandica) in the Baltic Sea, where it no longer occurs; and evidence of 9th Century Norse exploitation of now extinct Walrus (Odobenus rosmarus) colonies in Iceland. For some species, then, the current species ranges are therefore likely to be much smaller than their original ranges. Accordingly, the original patterns of species diversity and endemism are also likely to be different.
Objective: The aim of this project is to investigate the extent to which global patterns of marine mammalian diversity and endemism have been changed by humans. It will attempt to map how the original patterns looked like, and to investigate different possible mechanisms that explain those patterns.
Methodology: This is a desk-based project. Data collection will rely on searching the literature for information on historical and pre-historical records of marine mammal distributions (for example from ship travel logs and pre-historical middens) and on consulting with appropriate experts. Geographic Information Systems (GIS) will be used to analyse the results.
Requirements: Good command of the English language is essential (needed for data collection and for consulting with experts). Prior experience with Geographic Information Systems would be useful but is not required. The student must be rigorous in data collection and confident to interact with experts by email.
Application: Candidates should send a CV (max 2 pages) and a cover letter (max 1 page) to ana.rodrigues@cefe.cnrs.fr.
Other information: The project will be done in collaboration with researchers from the International Union for Conservation of Nature (http://www.iucn.org/). It has a high potential for resulting in a scientific publication.


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    • Ce stage peut se poursuivre par une thèse : ce sujet sera déposé dans une école doctorale.

This project may be extended into a broader PhD project on marine macroecology and biogeography, focusing not only on marine mammals but also on corals and fish.
Spécialité Ecologie, Biodiversité et Evolution

Proposition de stage de M2 RECHERCHE

Année 2009/2010
Stage de Charlotte URIEN
Titre du stage :

Diversité des pratiques boulangères et richesse spécifique des levures issues de levain naturel dans un réseau français de paysan-boulangers
Laboratoire d’accueil :

UMR de Génétique Végétale, Ferme du Moulon, 91190, Gif-sur-Yvette

Collaboration : Réseaux semences paysannes
Responsable du stage :

Nom : Delphine Sicard

Tél : 0169332242 /0624720501

Fax : 0169332340

Email : sicard@moulon.inra.fr
Références dans le domaine :

Albertin W, Marullo M, Aigle M et al. 2009. JEB, in press.

Annan NT, Poll L, Sefa-Dedeh S, Plahar WA, & Jakobsen M. 2003. Journal of Applied Microbiology, 94, 462-474.

Fierer N, Breitbart M, Nulton J et al. (2007) Applied and Environmental Microbiology 73: 7059-7066.

Legras JL, Merdinoglu D, Cornuet JM, Karst F. 2007. Molecular Ecology, 16, 2091-2102.

Nguyen H-V, Gaillardin C, Neuvéglise C. 2009. FEMS yeast research 9, 641-62.

Pulvirenti A, Solieri L, Gullo M & Giudici P. 2004. Lett. Appl. Microbiol. 38, 113-117.

Vernocchi P, Valmorri S, Gatto V et al. 2004. Food Research International, 37, 469-476.

Wegley L, Edwards R, Rodriguez-Brito B, et al. 2007. Environmental microbiology 9, 2707-2719.

Description du stage (1 page maximum)

Veuillez SVP indiquer les objectifs du stage et la méthodologie employée.

Ce sujet s’intègre dans les recherches sur la gestion de la biodiversité. Une gestion durable, dynamique et intégrée de la biodiversité semble être une des stratégies les plus robustes pour maintenir un potentiel adaptatif à plusieurs niveaux. Ce projet vise à initier la caractérisation d'un système complexe original et intégré puisqu'il s'agit d'étudier la diversité génétique de communautés de levures présentes dans des levains naturels, en lien avec la diversité génétique des blés utilisés pour la création et l'entretien de ces levains par des paysan-boulangers. La nature complexe des levains est le fruit d'une interaction forte entre l'homme, le blé et des communautés microbiennes. En effet, la farine utilisée pour la conception et le maintien de ces levains provient de variétés/populations de blé de pays le plus généralement cultivées en associations variétales assurant un bon niveau de diversité génétique. Ces populations de blés sont connectées entre elles à l'échelle nationale voire internationale par des échanges de semences entre paysans. A partir d'enquêtes préliminaires auprès de ces paysan-boulangers, il s'avère que les pratiques de panification sont extrêmement diversifiées et une première analyse de la diversité des levures présentes dans quelques levains s'annonce prometteuse.
OBJECTIFS : Dans le cadre du stage de M2, nous proposons d’étudier la diversité des pratiques boulangères et la diversité inter spécifique des levures présentes dans les levains naturels au cours de la conservation et de la fermentation. Il s’agira :

i) à partir d’une enquête, de décrire les pratiques de panification et gestion du levain des paysans boulangers d’un réseau français d’environ 100 acteurs afin de réfléchir l’échantillonnage des levains représentatifs de la diversité des variétés de blés mais aussi des pratiques agricoles et boulangères.

ii) d’analyser la richesse spécifique des levures et son évolution au cours du cycle du levain chez trois paysans-boulangers. Plusieurs prélèvements seront réalisés au cours des phases successives de conservation (stockage) et de fermentation (phase d’expansion). Pour chaque prélèvement, les clones de levure seront isolés et l’espèce sera identifiée par des techniques simples de biologie moléculaire (profil de digestion de la région NTS et séquençage de la région ITS des ADNr).
Ces données permettront d’évaluer la diversité des pratiques boulangères, en lien avec la diversité génétique des blés et des pratiques culturales pour réfléchir la gestion dynamique des levures. Elles apporteront des informations sur le moment du processus de boulangerie à considérer pour rassembler la diversité des souches de boulangerie dans des collections comme le CIRM. Elles serviront de bases pour analyser la diversité des communautés microbiennes des levains à une échelle géographique plus large en utilisant les techniques plus innovantes de la méta-génomique.

Veuillez effacez les phrases inutiles

    • Ce stage peut se poursuivre par une thèse (ce sujet sera déposé dans une école doctorale, a été déposé dans le cadre d’une réponse à un appel d’offre de la « Fondation pour le Recherche sur la Biodiversité »)

Spécialité Ecologie, Biodiversité et Evolution

Proposition de stage de M2 RECHERCHE

Année 2009/2010
Stage de Léa DUFRENE
Titre du stage : Impact de la structure des paysages et des pratiques d'exploitation sur la biodiversité des milieux agricoles: cas conjoint des chiroptères et orthoptères
Laboratoire d’accueil :

Conservation des espèces, Restauration et Suivi des Populations UMR 7204,

Muséum National D'histoire Naturelle

Département Ecologie et Gestion de la Biodiversité

55 rue Buffon 75005 Paris
Responsable du stage :

Nom : Bas Yves., Julien, Jean François, Kerbiriou Christian

Tél : 01 40 79 57 23

Fax : 01 40 79 38 35

Email : ybas@mnhn.fr, jfjulien@mnhn.fr, kerbiriou@mnhn.fr,
Références dans le domaine :
Bas, Y., Julien, J.F., Kerbiriou, C., Julliard, R., Jiguet, F. A simple method to assess distance-related biases on counts for animal surveys. Under review in Ecology.
Bas, Y., Julien, J.F., Kerbiriou, C., Jiguet, F. Forestry impacts birds and bats communities through different processes. in prep.
Kerbiriou C., Le Viol I., Jiguet F. & Devictor V. More species, fewer specialists: 100 years of changes in community composition in an island-biogeographical study. Diversity and Distribution in press

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