V. programme d’enseignement 7








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IV.6. Programme d’enseignement



Les enseignements sont répartir en deux groupes (2) :


  • Modules d’orientation (75%, 900h/An)

  • Biochimie clinique et Toxicologie d’urgence

  • Hématologie biologique

  • Bactériologie-Virologie

  • Parasitologie-Mycologie



  • Modules de soutien (25%, 300h/An)

  • Biologie cellulaire et moléculaire

    • Immunologie médicale

    • Cytologie médicale

    • Biologie moléculaire (bases)

  • Management de laboratoire

    • Management de la qualité

    • Hygiène biosécurité, et sécurité au travail

    • Bonnes pratiques de laboratoire et Bioéthique

  • Gestion des données et communication scientifique

    • Bio statistiques

    • Anglais médicale

    • Bio Informatique,

Le curricula est organisé en Unité d’enseignements (UE).

Chaque unité d’enseignements est divisée en Eléments de contenu (EC).
Voir la maquette du programme.

IV.7. Méthode d’enseignement


Enseignement théorique :

  • Présentiel : Cours magistraux, Séminaires et ateliers, Exposés, conférences, revues bibliographiques

  • A distance : Téléconférences, Consultation cours en ligne

Enseignement pratique :

  • Présentiel  Travaux Pratiques, Travaux dirigés, Stages



II.8. Méthodes d’évaluation


Les évaluations des enseignements de la 1ére, 2éme et 3éme année

  • Pratique (semestrielle)

  • Théorique (semestrielle)

  • Stages (continue/carnet de stage)


Les évaluations des enseignements de la 4éme année

  • Mémoire (final, jury interdisciplinaire, fixé par le Doyen sur proposition du comité scientifique), Le jury terminal doit être si possible international.

Validation du diplôme : Procès verbal de l’évaluation et transmission au Doyen pour établissement du diplôme par le Recteur/Président de l’Université

  1. PROGRAMME d’ENSEIGNEMENT




V-A. MODULES D’ORIENTATION 



Volume horaire total par an: 900 heures par an

UE 1 : BIOCHIMIE





    1. Cours théoriques


EC-1: Principes et Méthodes Physico-chimiques de l’analyse biochimique

Principes des automates de chimie et Maintenance préventive

Méthodes de dosage en biochimie : spectrophotométrie, photométrie de flamme, Spectrophotométrie d'absorption atomique, fluorimétrie, néphélométrie, turbidimétrie, électrochimie

Immmunodosages: méthode, techniques et applications

Cinétique enzymatique et méthodes de dosage

Méthodes électrophorétiques : Variantes, techniques et applications

Méthodes chromatographiques: Variantes, techniques et applications

Milieux biologiques : prélèvement, gestion et traitement pré et post-analytique

Contrôle de qualité

Valeurs de référence, apport diagnostic d’un dosage et variabilité des résultats
EC-2: Méthodes appliquées à la sémiologie biochimique

Méthodes de dosage des substrats (Glucose, Urée, Cholestérol…)

Méthodes de détermination des activités enzymatiques (Transaminases, CPK…)

Méthodes de dosage des électrolytes (Sodium, Potassium, Chlore…)

Méthodes de dosage des oligoéléments (Calcium, Phosphore, Magnésium, Fer…)

Méthodes de dosage des protéines spécifiques (CRP, Apolipoprotéines, Oro…)

Méthodes de dosage des hormones

Détermination des gaz du sang

Méthodes de recherche et d’étude par électrophorèses et dosages spécifiques

Méthode de recherche et de dosage des éléments anormaux de l’urine

Toxicologie et monitoring thérapeutique
EC-3. Explorations biochimiques

Marqueurs cardio-vasculaires sériques

Exploration de l’hypertension artérielle

Marqueurs de l’inflammation, Marqueurs tumoraux

Marqueurs tissulaires, de syndromes et métaboliques

Exploration du diabète sucré, comas diabétiques et hypoglycémies

Exploration de la fonction rénale

Exploration biochimique au cours des insuffisances rénales

Exploration de la fonction hépatique

Exploration d’une protéinurie

Exploration de la fonction excrétobiliaire

Exploration au cours du syndrome de cytolyse hépatique et des insuffisances hépatocellulaires

Exploration de l’équilibre hydro minéral

EC-4 : Biochimie endocrinienne 

Hormones hypothalamo-hypophysaires

Exploration de la fonction thyroïdienne

Hormones surrénaliennes

Exploration fonctionnelle de l’ovaire

Exploration du testicule endocrine

Diagnostic biologique de la grossesse

Commentaires de bilan


    1. Travaux pratiques :


TP BIOCH 1 :

Conseils pratiques et avertissements : 1 heure : Concernant les spécimens, Concernant les réactifs, Concernant le matériel

Matériel de laboratoire : 2 heures

Petits matériels : Matériel de prélèvement, Verrerie, Micropipettes

Appareils de mesure : Principe de fonctionnement, Utilisation pratique, Maintenance

Traitement des résultats : Fiches de résultats, Valeurs usuelles de quelques paramètres courants, Validation informatique

Tests analytiques sanguins et urinaires : 24 heures

Dosages de substrats: 12 heures

Mesures d’activité enzymatiques: 12 heures
TP BIOCH 2 : Tests analytiques sanguins et urinaires

Dosage des électrolytes: 8 heures

Dosage d’hormones et de marqueurs (EIA): 4 heures

Méthodes immunochimiques de dosage (quali et semi-quali): 8 heures

Revue de littérature : 10 heures (5 séances de 2 heures)
TP BIOCH 3 : Tests analytiques sanguins et urinaires

Méthodes chromatographiques: 8 heures

Méthodes électrophorétiques: 8 heures

Revue de littérature : 10 heures (5 séances de 2 heures)
TP BIOCH 4 : Préparation du mémoire


    1. Stages  en laboratoire:


STAGE 1 : Connaissance du milieu et comportement au laboratoire

    1. Application des règles de biosécurité

    2. Gestion des prélèvements

    3. Organisation du poste de travail



STAGE 2 : Réalisation des processus d’analyse et validation des résultats d’analyse






STAGE 3 : Management du laboratoire. Apprentissage de l’évaluation des règles de biosécurité dans les processus d’analyse








STAGE 4 : Gestion des données

3.1.

Module 2 : BACTERIOLOGIE VIROLOGIE



2.1. Cours théoriques
UE-1: Structure, physiologie et pathogénie des bactéries et des virus
Structure et morphologie d'une bactérie

Définition, Structure et classification des virus

Nutrition et croissance d'une bactérie

Métabolisme bactérien

Principe de la Taxonomie bactérienne

Milieux de culture des bactéries

Multiplication des virus

Relation hôte bactéries : Pouvoir pathogène et virulence, toxines et enzymes bactériens

Mutations et sélection des mutants bactériens

Echanges d'informations génétiques. Transformation, Conjugaison, Transduction

Episomes et Plasmides

Pathogénèse des infections virales, persistance virale 

Principes des vaccins antibactériens et antiviraux

Antibiotiques et antiviraux : définitions, classification, mode d’action, mécanismes de résistance
UE- 2 : Etiologies des syndromes infectieux courants
Méningites : S pneumoniae , N meningitidis, H influenzae, E coli K1 , S agalactiae, Poliovirus, Enterovirus, Herpes

Diarrhées: Salmonella non typhique, Shigella, E coli, Vibro cholerae, Campylobacter, Rotavirus, Adenovirus

Infections du tractus urinaire : E coli, Klebsiella, Staphylocoque, Enterococcus

Septicémies: Salmonella typhi et paratyphiques

Pathologies respiratoires : Klebsiella, Légionella, Chlamydia, Mycoplasme pneumoniae, S aureus, virus respiratoires : VRS, Virus de la grippe, Parainfluenzae, SRAS

Angines et Infections ORL: C diphteriae, Angine de Vincent, Streptocoque A, C, G, Rhinovirus

Infections génitales: Chlamydia trachomatis, N gonorrhoeae, HSV2, Treponéma pallidum, H ducreyii, C granulomatis, LGV, Agents des vaginoses bactériennes , T vaginalis

Pathologies cutanées : S aureus, virus rubéole, virus rougeole, Pox virus

Infections de la mère et de l’enfant
UE-3 : Agents et pathologies infectieuses spécifiques
EC 1Mycobactéries tuberculeuses et atypiques : Tuberculose, ulcère de Buruli, lépre

EC2 Virus du SIDA

EC3 Hépatites virales: HBV, HCV, HAV, Virus delta

Pathogènes oncogènes: EBV, HTLV, Papilloma, Hélicobacter pylori

Pathogènes d'origine animal: Virus rage, Brucella, Listeria, Bacillus anthracis, Leptospira, Borrelia, Yersinia

Arboviroses (fièvre jaune, dengue) et Fièvres hémorragiques : Filovirus : Ebola, Marburg, Arénavirus : Lassa, Chikungunya, virus de la vallée du Rift

Bactéries anaérobies: Clostridium, Bactéroides

Bio films et maladies nosocomiales : Pseudomonas, Bulkorderia, Bactéries Multi Résistantes (BMR)
UE-4 : Etude des produits biologiques

Hémocultures : germes aérobies, anaérobies, mycobactéries

Coprocultures

Examen du LCR

Exsudats génitaux : cervico-vaginaux, urétraux

Sphère ORL : gorge, nez et œil,

Pus d’oreille, pus de sinus, Pus oculaire

Bactériologie des infections materno-fœtales

Examen bactériologique du sperme

Examen des liquides des séreuses infectées : pleural, péritonéal, articulaire ou synovial péricardique, ascite

Examen des expectorations : BAAR, germes banaux

Examen de la peau et des phanères

Examen : plaies, écoulements purulents, tissus, fistules, morsures et pus fermés

Examen des matériaux : cathéter, dispositif intra utérin, drain, bout de sonde

Examen des prélèvements périnataux

Culture, identification et tests de sensibilité des mycobactéries tuberculeuses

Identification et titrage des mycoplasmes génitaux

Etude bactériologique des biopsies

Méthodes d'étude des résistances aux antibiotiques et aux antiviraux

Tests d’évaluation de l’activité des antibiotiques (in vitro et in vivo)

Etude du pouvoir bactéricide (urine, LCR, sang)

Les sérodiagnostics bactériens et viraux
2.2. Travaux Pratiques / Séminaires (Discussions et commentaires d’articles scientifiques)
TP BACT VIROL 1 : Techniques de Stérilisation, Règles de biosécurité au laboratoire de Bactériologie Virologie , Poste de travail en Microbiologie, Techniques de conservation au laboratoire
TP BACT VIROL 2 : Préparation des milieux de culture en bactériologie et des colorants
TP BACT VIROL 3

Objectifs : Identifier les cocci Gram (+) sur la base des caractères morphologiques, culturaux, biochimiques et antigéniques

Etude des Cocci Gram positif : Genre Staphylococcus : S. aureus, S. coagulase négative

Genre Streptococcus : Streptococcus béta hémolytique, S pneumoniae, Enterococcus
TP BACT VIROL 4

Objectifs : Identifier les Neisseria , Corynebacterium et Listeria sur la base des caractères morphologiques, culturaux, biochimiques et antigéniques

Etude des Cocci Gram (-) : Genre Neisseria

Etude des bacilles Gram (+) : Genre Corynebacterium / Genre Listeria
TP BACT VIROL 5 et 6

Objectifs : identifier les entérobactéries sur les bases des caractères morphologiques, culturaux, biochimiques et antigéniques

Etude des Entérobactéries : E. coli, Shigella/ Entérobactéries VP (+),H2 S (+), TDA (+)
TP BACT VIROL 6, 7, 8

Etude des bacilles Gram (-) Non Entérobactéries : Aérobies stricts : Genre Pseudomonas / Genre Xanthomonas / Genre Acinetobacter : Aéro-anaérobies : Genre Vibrio / Genre Aéromonas / Genre Plesiomonas : Bacilles Gram (-) exigeants : Genre Haemophilus
TP BACT VIROL 9 : Etude de bactéries anaérobies strictes : Clostridium, flore de Veillon
TP BACT VIROL 10 : Sérotypage d'une souche bactérienne : Salmonella / Shigella / Vibrio cholerae
TP BACT VIROL 11, 12,13 : Sensibilité des bactéries aux antibiotiques et antibiothérapie

Etude de la courbe de croissance bactérienne, Etude du pouvoir bactéricide du sérum, des urines, Détection des enzymes de résistance
TP BACT VIROL 14,15, 16 : Antibiogrammes des principales bactéries et des BK
TP BACT VIROL 17

Objectifs : Réaliser les principaux tests pour les sérodiagnostics des infections bactériennes

Sérologie bactérienne : Tréponématoses / Infections post-streptococciques / Fièvre typhoïde/ Infection à C. trachomatis
TP BACT VIROL 18 : Initiation à la culture cellulaire, Trypsinisation / Culture/ Lecture de plages cellulaires, Culture in vitro d'un virus : Ex du Poliovirus, Culture, titrage, Typage
TP BACT VIROL 19 : Sérologie virale : IHA : virus rubéole, ELISA : virus VIH, IFI: Virus CMV
TP BACT VIROL 20: Initiation à la biologie moléculaire : Etude de l'ADN d'E. coli
SEMINAIRES : Diagnostic de l’infection bactérienne et virale
2.3. Stages au laboratoire

MO 3 : PARASITOLOGIE MYCOLOGIE



3.1 Cours théoriques
UE-1 Notions fondamentales, Ectoparasites, Vecteurs et Hôtes intermédiaires

Définitions: parasitisme et autres types d’association

Systématique /taxonomie parasitaire

Relations Hôte-Parasite

Répartition géographique et facteurs bio-écologiques

Poux de la tête, corps, pubis

Sarcopte de la gale , Puces , Agents de myiases

Moustiques: Anopheles, Culex, Aedes

Simulie, glossine, phlébotome

Mollusques et crustacés
UE-2-Protozoologie médicale

Paludisme , Toxoplasmose

Coccidioses intestinales: sarocystose, cryptosporidiose, isosporose,

Microsporidiose , Amoebose

Trypanosomoses , Leishmanioses

Giardiose, trichomonose, balantidiose , Trichomonoses
UE-3- Helminthologie

Ankylostomose/Nécatorose

Strongyloidose , Ascaridiose

Trichinose , Trichocéphalose , Enterobiose

Filarioses: F. lymphatique, loase, F. péritonéales, onchocercose, dracunculose

Schistosomoses: hépato-intestinale et génito-urinaire

Taeniasis: T. saginata, T. solium, H. nana,

Cysticercoses, hydatidose

Distomatoses: hépato-biliaires et pulmonaires

Helminthoses rares et les impasses parasitaires
UE-4- Mycologie médicale

Notions fondamentales

Dermatophyties de la peau et des phanères

Candidoses: superficielles, profondes

Cryptococcose, Histoplasmoses , Aspergilloses , Mycétomes

Pneumocystose, Mycoses rares
3.2. Travaux pratiques
TP PAR-MYC 1-Techniques générales de diagnostic parasitologique et mycologique (34h);

Sang: GE/FM, LeucoC0, QBC, Centrifugation, DEAE

Selles: Direct, MIF, Kato-Katz, Ritchie, Baerman, scotch test de Graham, Biopsie muqueuse rectale

Urines: Centrifugation, filtration et numération

LCR, Pus, Sérosité

Peau/phanères: SNIP, Gale, Scotch test, Myiases, Leishmanioses cutanées

Culture: coproculture, leishmanie, plasmodium

Mycologie: Dermatophyties, Candidoses, Cryptococcose: direct, encre de chine, Wood, culture et antifungigramme
TP PAR-MYC 2-Techniques de diagnostic spécifique (32h):

Paludisme , Leishmanioses, trypanosomoses , Schistosomoses , Onchocercose , Toxoplasmose , Oxyurose , Strongyloidose , Ankylostomoses , Cryptosporidiose et microsporidioses , Candidoses et dermatophyties
TP PAR-MYC 3-Mise en évidence des modifications séro-hématologiques/LCR dans les infections parasitaires et mycologiques (6h)

Eosinophilie sanguine, Anémie , Leucopénie , Thrombopénie , Hyperleucocytose à neutrophiles , Leucocytes mélanifères , Cellules de Mott , LCR
TP PAR-MYC 4-Techniques spécialisées d’entomologie et de malacologie médicale: identification simple (8 h)

Anopheles: larves, nymphes, imago , Culex: larves, nymphes, imago

Aedes: larves, nymphes, imago , Glossines: imago , Phlebotomes: imago

Sarcoptes, puces, poux (lentes, imago) , Cyclops , Mollusques: Bulinus sp, Biomphalaria sp
TP PAR-MYC 6-Démarche diagnostique biologique parasitaire et mycologique (38h):

Paludisme , Amoebose , Leishmanioses , Trypanosomoses , Schistosomoses

Filarioses , Toxoplasmose , Oxyurose , Strongyloidose , Ankylostomoses , Cryptosporidiose et microsporidioses , Candidoses et dermatophyties
3.3. Stages :

UE 4 : HEMATOLOGIE



4.1. Cours théoriques
EC-1- Physiologie hématologique

Organisation du système hématopoïétique

Le globule rouge : morphologie, production, devenir, fonctions et exploration

Les globules blancs : morphologie, production, devenir, fonctions et exploration : granulocytes, lymphocytes, monocytes-macrophages

La plaquette sanguine : morphologie, production, devenir, fonctions et exploration

La moelle osseuse : structure, fonction et exploration

Les autres organes hématopoïétiques : thymus, ganglion et rate

Hémostase primaire : physiologie et exploration

Coagulation : physiologie et exploration

Fibrinolyse : physiologie et exploration

Système ABO et Système rhésus

Autres systèmes érythrocytaires

Groupes leucoplaquettaires et système HLA
EC-2 Pathologie du globule rouge, Transfusion sanguine

  • Les anémies :

Classification des anémies

Diagnostic biologique des anémies par carence en fer

Diagnostic biologique des anémies inflammatoires

Diagnostic biologique des anémies macrocytaires par carence vitaminique (acide

folique et vitamine B12)

Diagnostic biologique des anomalies de la membrane : HPN, Maladie de Minkowsky Chauffard, élliptocytose héréditaire

Diagnostic biologique des anomalies enzymatiques : déficit en G6PD/PK

Diagnostic biologique de la drépanocytose

Diagnostic biologique des thalassémies

Diagnostic biologique des autres anomalies de l’hémoglobine

Diagnostic biologique de la MHNN

Diagnostic biologique des autres anémies hémolytiques périphériques :

infectieuses, toxiques, mécaniques, immunologiques

Diagnostic biologique des érythroblastopénies

Diagnostic biologique des hémochromatoses

  • Transfusion sanguine : Diagnostic biologique des accidents transfusionnels : immunologiques, infectieuses, surcharge

  • Diagnostic biologique des polyglobulies


EC-3 : Pathologie du globule blanc

Diagnostic biologique des hyperleucocytoses

Diagnostic biologique des leucopénies/agranulocytose

Diagnostic biologique des aplasies médullaires

Etiopathogénie des hémopathies malignes

Diagnostic biologique des leucémies aigues myéloïdes

Diagnostic biologique des leucémies aigues lymphoblastiques

Diagnostic biologique de la LLC

Diagnostic biologique de la Maladie de Waldenstrom

Diagnostic biologique de la maladie de Kahler

Diagnostic biologique des lymphomes hodgkiniens

Diagnostic biologique des lymphomes non hodgkiniens : lymphome de Burkitt, autres lymphomes

Diagnostic biologique des LMC

Diagnostic biologique de la Splénomégalie myéloïde

Diagnostic biologique des syndromes myélodysplasiques
EC-4 : Pathologie de la plaquette et de l’hémostase

Diagnostic biologique des thrombopénies

Diagnostic biologique des hyperplaquettoses :thrombocytose, thrombocythémie

Diagnostic biologique des thrombopathies acquises et constitutionnelles

Diagnostic biologique de la maladie de von Willebrand

Diagnostic biologique de l’hémophilie

Diagnostic biologique des thrombophilies

Diagnostic biologique des anticoagulants circulants

Diagnostic biologique du syndrome des antiphospholipides

Diagnostic biologique de la CIVD

Diagnostic biologique de la fibrinolyse aiguë ou primitive

Diagnostic biologique des dysfibrinogénémies

Surveillance biologique du traitement par les héparines

Surveillance biologique du traitement par les AVK
4.2.Travaux pratiques
TP-HEMATO 1 : Le prélèvement en hématologie, L’hémogramme – VS, Le myélogramme , L’adénogramme, Ponction de masse, Electrophorèse de l’hémoglobine pH acide et alcalin

Hémostase : TS, TQ, TCA, TT, fibrinémie , Groupage ABO-Rhésus, test de compatibilité

Phénotypage érythrocytaire
TP-HEMATO 2 : Hémogramme pathologique, Médullogramme pathologique

Colorations spéciales, Recherche de cellules de Hargraves, Test d’Emmel , Test de Kleihauer , IEF , HPLC, Test de Coombs direct et indirect
TP-HEMATO 3: Diagnostic d’un anticoagulant circulant , Dosage différentiel des facteurs de la coagulation , Dosage quantitatif et qualitatif du facteur Willebrand , Dosage de l’héparinémie et du Xa , Réalisation et interprétation du temps de lyse des euglobulines

Réalisation et interprétation du test à l’éthanol
TP-HEMATO 4 : Dosage des PDF, Dosage des D-Dimères, Recherche des agglutinines irrégulières , Difficultés de groupage
4.3. Stages au laboratoire

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