I. competences et expertise du service d’accueil








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Centre François BACLESSE

Demande d’agrément des services pour l’accueil d’internes D.E.S de spécialité ou de médecine générale

Année universitaire 2012-2013






projet pedagogique

BIOLOGIE MEDICALE

Interne Biologie Specialisee - autres opt 78

Niveau II - GENETIQUE MOLECULAIRE - [076]

LABORATOIRE DE BIOLOGIE CLINIQUE ET ONCOLOGIQUE

I. COMPETENCES ET EXPERTISE DU SERvice d’ACCUEIL


Etablissement : Centre François Baclesse, 3 avenue du Général Harris, BP 5026, 14076 Caen Cedex 5

Nature de l’établissement : Centre de Lutte Contre le Cancer (CLCC) PSPH
Nom du service : Laboratoire de biologie clinique et oncologique

Agrément demandé : BIOLOGIE MEDICALE DES Biologie spécialisée autres options 78 [076]

Spécialité : Génétique [23]

Responsable de service : Dominique Vaur

Lieu d’activité : Centre François Baclesse

Le laboratoire de biologie clinique et oncologique se divise en deux secteurs.

Le secteur de biologie clinique oncologique permettant la réalisation d’analyses dites de biologie polyvalentes adaptées à un centre de Lutte contre le cancer et un secteur de biologie moléculaire. La présente demande d’agrément de stage de niveau 2 de Génétique moléculaire concerne ce dernier secteur.
La politique générale du secteur de biologie moléculaire du laboratoire s’appuie sur les trois axes suivants :

  • une activité d’oncogénétique visant à rechercher des mutations dans les gènes de prédisposition aux cancers du sein et/ou de l’ovaire BRCA1 et BRCA2

  • une activité de génétique somatique des tumeurs visant à rechercher des mutations diagnostiques, pronostiques d’un type de cancer, ou prédictives d’une réponse à un traitement


Les pharmaciens-biologistes disposent d’un agrément pour pratiquer les examens des caractéristiques génétiques d’une personne à des fins médicales. Le recrutement des patients est lié aux consultations des oncogénéticiens de la Haute et Basse Normandie, de la Bretagne et de la Martinique. Les biologistes participent aux groupes de recherches multicentriques et aux essais thérapeutiques développés par le centre en collaboration notamment avec le service de recherche clinique. Le laboratoire participe annuellement à un système de contrôle qualité externe en oncogénétique et en génétique somatique des tumeurs.

L’environnement du laboratoire de biologie moléculaire est le suivant :

  • Rattachement du laboratoire au département de bio-pathologie regroupant les services d’anatomopathologie, de biologie clinique et les consultations d’oncogénétique.

  • Rattachement à la plateforme GENECAN, plateforme d’outils partagés au sein du plateau hospitalier Canneais, à des fins de diagnostique en cancérologie

  • Hébergement de la plate forme de séquençage à haut débit Bas-Normande SéSAME (Séquençage pour la Santé, l’Agronomie, la Mer et l’Environnement)

  • Développement de projets de recherche en commun, notamment sur la thématique du cancer de l’ovaire, avec l’unité EA-4656 du Dr L. Poulain Biologie des Thérapie Innovantes des Cancers localement Agressifs (BioTICLA) de l’université de Caen Basse Normandie, rattachée au Centre F. Baclesse par une convention

  • Développement de projets de recherche en oncogénétique avec l’unité INSERM U1079 du Pr T. Frebourg à Rouen




Critères d’activité

Données chiffrées

Activité totale du laboratoire en B

5 296 829 B







Biologie moléculaire Hors Nomenclature Montpellier

Nombre de familles screenées pour 2011

Nombre d’apparentés testés pour une mutation BRCA identifiée

9 307 780 BHN
792 Familles

371 apparentés

Activité totale du Laboratoire en B +BHN

14 604 609 B +BHN







Tableau 1 : données d’activité du service (Biologie - année 2011)

II. principes pedagogiques


Le Centre François BACLESSE, Centre de Lutte Contre le Cancer pour la Basse Normandie assume des missions de prévention, de diagnostic, de soins et de suivi des patients pour les pathologies cancéreuses. Il fait notamment partie du réseau régional de cancérologie.
En outre, le Centre participe à l’enseignement des futurs professionnels de la santé et à la formation permanente. Centre agréé pour la formation continue, il a également conclu depuis de nombreuses années une convention avec l’Université et le CHU de Caen.
Tout interne affecté dans un service du Centre François BACLESSE est placé sous la responsabilité du Responsable de service. Par ailleurs, un médecin est désigné au sein de l’établissement pour assurer la coordination de l’enseignement des internes dans leur ensemble (accueil, réunions d’enseignement exclusives, respect des procédures durant la garde) et peut assurer également un rôle de médiation. Le suivi administratif des internes est centralisé auprès du Service Enseignement-Formation du Centre François BACLESSE.
Contractuellement, des objectifs pédagogiques sont fixés avec l’interne lors de son arrivée dans un service. Ils sont gradués tout au long des six mois de stage afin de lui conférer une autonomie de plus en plus croissante en fonction de ses connaissances et compétences acquises et de son ancienneté. Ces acquis de l’interne sont périodiquement évalués et validés par son Responsable de service. Le Centre veille tout particulièrement à ce que ces principes pédagogiques soient constamment conciliés avec la qualité et la sécurité dues à tout patient pris en charge.
Enfin, le Centre a une forte activité de recherche qu’il souhaite transmettre aux internes qu’il accueille. Aussi, ceux-ci sont-ils associés dans la mesure du possible aux protocoles de recherches cliniques et projets de recherche en cours dans le service et peuvent participer à des communications et congrès tant français qu’internationaux.


III. SUPPORT DE LA FORMATION

Moyens de formation
Encadrement et moyens humains du Service d’affectation


Dans le respect de leur domaine de compétence, l’ensemble des personnels du service concourt à cette formation. Chacun fournit explication, exemple, démonstration dans sa sphère de compétence et participe en ce sens à la formation de l’interne. L’interne est supervisé par un biologiste senior de référence.


Moyens humains Laboratoire de Biologie Clinique

Nombre En ETP

Biologistes

2.8

Interne de spécialité

1

Cadres

3

Techniciens

9

Secrétaires

1.55

Agent technique laverie

0.4

Tableau 2 : Moyens humains (temps technique) du laboratoire de biologie clinique

Equipements :

- Séquenceurs : NGS Illumina GAIIX, 16 capillaires 3130 Applied, Pyroséquenceur Q24 Qiagen,

- Q-PCR : 7500 Applied, Light cycler 480 Roche,

- DHPLC : Wave transgenomic (2),

- Thermocycleurs et robot de distribution pré-PCR

- Analyseur de fragments d’acides nucléiques (Agilent).
Moyens matériels mis à disposition des internes


Conditions d’enseignement : un amphithéâtre 130 places avec équipement vidéo et audio, PC fixe et tableau interactif, trois salles de formation équipée de vidéoprojecteur et tableau interactif, une bibliothèque médicale, deux salles de réunion de concertation pluridisciplinaire équipées pour la visioconférence multipoints. Ces visioconférences, destinées prioritairement aux internes en Oncologie, sont ouvertes à tous les internes qui souhaitent y participer.

Conditions de travail : Chaque interne, dispose au sein de son service, d’un accès à l’Internet et l’Intranet du Centre, à des logiciels de traitement de texte et tableur ainsi qu’aux logiciels de gestion du patient avec un code d’accès personnel (dossiers informatisés médical, de laboratoire, de soins et d’imagerie médicale). Le Centre François BACLESSE met à disposition des internes quatre chambres, dont une réservée à l’interne de garde, avec sanitaire et douche. Le salon commun est équipé d’un bureau avec ordinateur et imprimante, et un téléphone avec ligne extérieure.

IV. place de l’interne

Responsabilité de l’interne dans l’activité hospitalière


L’interne accueilli au sein du laboratoire de biologie clinique et oncologique pour effectuer un stage de génétique moléculaire sera affecté au niveau du secteur de biologie moléculaire.

- L’interne disposera d’un ordinateur relié au réseau informatique du Centre François Baclesse.

- Les horaires de présence de l’interne seront callées sur les horaires d’ouvertures du laboratoire du lundi au vendredi de 8h30 à 17h.

- L’interne participera aux réunions d’équipe hebdomadaire.

- L’interne participera aux réunions bibliographiques mensuelles.

- L’interne participera aux réunions de concertation pluridisciplinaire en oncogénétique et pourra être amené à assister à des consultations d’oncogénétique ainsi qu’aux visio-conférences entre le laboratoire et les prescripteurs.


Participation à diverses réunions ou formations complémentaires










Réunion de service Biologie Moléculaire

Présence et/ou Présentation du travail

hebdomadaire

Analyse Bibliographique

Présentation d’articles

mensuelle

Comité Oncogénétique CFB

Présence et/ou présentation

mensuelle

Visioconférences Nantes Rennes Angers et Rouen Caen Martinique

Présence

mensuelle

Cours de DU, DESC et/ou DES

Participation

hebdomadaire

Cours réservés aux internes

Présence et/ou présentation

2 séminaires d’accueil + cours du soir

Conférences au personnel multiservice

Présence seule

mensuelle

Congrès (selon services)

Présence ou communication

semestrielle

Tableau 3 : types de réunions réclamant la présence ou la participation de l’interne (les fréquences sont données à titre indicatif )

V. OBJECTIFS PEDAGOGIQUES DU STAGE


Au cours de son semestre d’internat, l’interne devra acquérir par lui-même et à l’aide du personnel encadrant des connaissances théoriques et des compétences pratiques dans le domaine de la génétique et en particulier de l’oncogénétique, de la pharmacogénétique et de la génétique somatique des tumeurs.
1. Connaissances théoriques

  • Types, fréquences et mécanismes des mutations délétères constitutionnelles et acquises.

  • Notions des modes de transmission des maladies génétiques

  • Principe et utilisation des principaux équipements permettant la réalisation des analyses de génétique moléculaire

  • Intérêt diagnostique, pronostique et/ou thérapeutique des analyses de génétique moléculaire cas particulier du cancer

  • Préventions et principes de traitement des cancers héréditaires

  • Notions de prédisposition génétique cas particulier du cancer


2. Compétences pratiques

Actes de génétique moléculaire 

  • Utilisation des banques de données en génétique accessibles via internet

  • Réaliser les différentes méthodes d’extraction des acides nucléiques

  • Réaliser les différentes méthodes d’identification des mutations délétères (DHPLC, HRM, séquençage capillaire, séquençage à haut débit)

  • Réaliser les différentes méthodes d’identification des réarrangements génomiques (QMPSF, MLPA)

  • Réaliser les différentes méthodes d’étude des polymorphismes de l’ADN (SNP, microsatellites)

  • Réaliser les différentes méthodes d’étude de l’expression des gènes au niveau de l’ARN (RT-PCR, QRT-PCR, analyse quantitative de l’épissage par pyroséquençage)

  • Connaître les critères de validation des analyses de génétiques moléculaires


Gestion des actes et organisation des laboratoires

  • Présentation et analyse des résultats en fonction du contexte clinique

  • Synthèse et discussion de dossiers

  • Organisation du système qualité dans le cadre de la démarche d’accréditation du comité Français d’accréditation (COFRAC)

  • Connaître les aspects législatifs et réglementaires encadrant la prescription et la mise en oeuvre des examens de génétique moléculaire et les conditions de communications des résultats


Travail personnel

  • Projet confié à l’interne soit dans le domaine diagnostic ou recherche à réaliser durant son semestre pouvant donner matière à un sujet de thèse d’exercice

  • Analyse bibliographique mensuelle

  • Présentation d’un exposé ou mini-mémoire en lien avec le travail personnel, les évolutions technologiques ou scientifiques



VI. EVALUATION


L’interne et le Responsable de service de Biologie clinique et Oncologique conviennent des objectifs à atteindre pendant le stage. L’évaluation de la progression de l’interne au cours de son stage s’effectue à partir du support d’enregistrement END 12 ci-joint.

Le responsable de service et/ou le tuteur senior évaluent de façon continue les connaissances théoriques, et pratiques de l’interne au cours de son travail quotidien.

Périodiquement, et au moins tous les deux mois, ils réalisent avec l’interne, au cours d’un entretien, l’évaluation du stage et conviennent des mesures adaptées pour traiter les éventuels écarts aux objectifs pédagogiques initiaux.

Le travail confié à l’interne pourra servir de base à une publication



Laboratoire de biologie clinique et oncologique

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