La thèse 3ème Cycle en Microbiolgie Marine








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Note sur la coopération au Mexique de l’UMR IMEP



Cette note synthétique présente les différents projets de coopération scientifique avec le Mexique de l’équipe de Fermentations en Milieu Solide (FMS) de l’IRD d’abord avec l’UR-119 puis par l’UR 185. Il y a quatre grands projets développés avec 4 équipes différentes:

1- Le projet BIOPULCA (Valorisation Biotechnologique de la Pulpe de Café) Avec la UAM-Iztapalapa . Je ne m'attarde pas sur la qualité scientifique et humaine de notre partenaire (Viniegra, Gutierrez Rojas, Saucedo, Monroy, Favela, etc..) que nous connaissons bien depuis 1981 et sur lesquels on pourra toujours compter pour construire et développer davantage la coopération scientifique aussi bien académique que pour le transfert technologique.

2- Le Projet Pleurotes (valorisation de la pulpe de café et dégradation des polyphénols par les Pleurotes). Mercedes SOBAL a réalisé sa thèse de doctorat dans le laboratoire IRD à Marseille. Daniel Martinez-Carrera édite la revue Internationale de Mycologie Neo Tropicale en co-édition avec l'IRD, appuyé financièrement par la DIC.

3- Le projet ECOS Nord entre l'Université de Guadalajara et l'IRD sur les champignons thermophiles pour la production de lipases. Les coordonnateurs de ce projet sont le Prof. Jacques BARATTI, de l'Université de Mediterranée et Jesus CORDOVA-LOPEZ, Professeur à l'UDG (Jesus a été étudiant de Viniegra, Favela à la UAM-I, il a été envoyé en France pour faire son doctorat avec Roussos à Montpellier (1994-1998). Depuis 1998 Jesus CORDOVA a eu un poste de Professeur à l'Université de Guadalajara et l’IRD souhaite vivement l'aider à développer un groupe de recherche en Biotechnologie dans son Université. Juan-Carlos MATEOS, étudiant mexicain de l’Université de Guadalajara, boursier Sfere Conacyt, a réalisé sa thèse de doctorat en France dans deux laboratoires (CNRS et IRD). Après avoir soutenu sa thèse en décembre 2005 il vient de rentrer au Mexique pour intégrer l’université et renforcer l’équipe du Prof. Cordova. Actuellement Jorge RODRIGUEZ, un deuxième étudiant du même groupe réalise sa thèse de doctorat en France sur les lipases fongiques. Roussos a participé activement à ce projet ECOS, pour la partie mycologie et fermentations en milieu solide, en particulier pour l’encadrement des étudiants mexicains en France.

4- Le projet ECOS Nord entre l'Université de Coahuila et l'IRD (2002-2006). Dans ce projet je suis coordonnateur mais en réalité c’est Christopher AUGUR qui a été directement impliqué pour cette coopération scientifique entre l’IRD et l’Université de Coahuila. Notre partenaire Mexicain c’est le Professeur Cristobal AGUILAR. Cristobal a réalisé son doctorat à la UAM-Iztapalapa avec Augur, Favela et Viniegra.

5- Le projet Liriasa.

En synthèse, je voudrais confirmer que la coopération de l’IRD avec le Mexique a été exemplaire dans le domaine de Biotechnologie et plus particulièrement des Fermentations en milieu Solide (FMS). D’abord avec la UAM-Iztapalapa nous avons formé un groupe d’excellence au niveau national et international en particulier pour la région Amérique latine et Caraibe. Ensuite nous participons activement à la mise en place dans des universités éloignées du DF des équipes nouvelles pour respecter les directives du Ministère des Affaires Etrangères : Colegio de Posgraduados de Puebla (Daniel MARTINEZ-CARRERA); Université de Guadalajara (Jesus CORDOVA-LOPEZ) ; Université de Coauhila (Christobal AGUILAR) ; Instituto Tecnologico de Durango (Oscar SOTO); Université de Morelos (Maria TREJO-HERNANDEZ).
Brésil,

1989-1992 Carlos Soccol s’est insctit à l’Université de Compiègne pour réaliser une thèse de doctorat en Biotechnologie. Il a réalisé la partie expérimentale de son doctorat au Laboratoire de Biotechnologie de l’ORSTOM à Montpellier. Son directeur de thèse a été Maurice Raimbault, et lorsque Maurice a été affecté en Colombie en 1991, j’ai assuré le co-encadrement en particulier pour la rédaction de la thèse et pour la publication des premiers articles scientifiques. Le sujet de thèse portait sur la culture de Rhizopus oligosporus sur le manioc en vue de la production de biomasse et de l’acide lactique.

1992-1993 Carlos Soccol a réalisé un post-doc au Laboratoire de Biotechnologie de l’ORSTOM, sous ma direction scientifique. Le sujet de post doc portait sur la production d’acide lactique par Rhizopus oligosporus cultivé en FMS. Un premier brevet de recherche a été rédigé et envoyé à Mme Ville avec comme auteurs Soccol et Roussos. Malgré notre insistance, Mme Ville n’a pas donné suite et n’a pas déposé de brevet auprès de l’ANVAR. Par contre Mme Ville deux ans après, a déposé un brevet pour la production d’acide lactique par les bactéries lactiques (Combet-Blanc et Garcia).

1993-1995 Carlos Soccol est rentré au Brésil et pour devenir Professeur titulaire à l’UFPR il a été obligé de soutenir une nouvelle thèse de doctorat d’Etat au Brésil sur la valorisation de la bagasse de manioc par fermentation en milieu solide en utilisant des champignons filamenteux et des champignons supérieurs comestibles. En particulier, il a mis au point des procédés pour la production d’acides organiques (Ac. fumarique, ac. itaconique, acide lactique) par FMS.

1997-2001 Carlos Soccol a participé au projet BIOPULCA (INCO-DC), financé par l’Union Européenne pour travailler sur la valorisation des coques de café par FMS avec des champignons essentiellement comestibles (Pleurotus, Flavulina, Lentinus etc). Il a également travaillé sur l’isolement des LAB à partir de coques de café et il a enrichi sa collection de LAB. Notre équipe ORSTOM de FMS avec l’équipe du Prof. Gerardo Saucedo-Castaneda de la UAM-Iztapalapa avons travaillé sur la valorisation de la pulpe de café.

En avril 1999, nous avons organisé le III SIBAC au Brésil qui a eu lieu à Londrina. A cette occasion je me suis rendu souvent au Brésil pour organiser ce séminaire international de Biotechnologie pour l’Agro-industrie de Café. Maurice Lourd, Représentant de l’IRD au Brésil est venu prononcer un discours et a souvent visité le laboratoire de Soccol. A cette période (1998) j’ai visité Curitiba et le laboratoire de Soccol. Les sujets de recherche que le Prof. Soccol développe, sont assez proches des nôtres dans le domaine de FMS et pour réaliser ces projets il travaille très étroitement avec des industriels brésiliens qui financent ses recherches.

En 2000, Soccol a bénéficié d’un ESCD pour venir à Marseille pour préparer son HDR qu’il a soutenue le 2 mai 2001 à l’Université de Provence. Hervé De Tricornot de passage à Marseille, a assisté à la soutenance de cette HDR.J’ai été son Directeur de recherche pour la préparation de cette HDR.

En Synthèse, le Prof. Carlos Soccol travaille beaucoup. Il a créé une équipe de recherche d’excelence en Biotechnologie pour la mise au point de bioprocédés en particulier pour les FMS, à l’Université Fédérale de Parana à Curitiba tout seul, sans la participation directe de chercheurs de l’IRD affectés au Brésil. Par contre il a collaboré depuis 1988 très étroitement avec des chercheurs de l’IRD dans le cadre de projets européens d’abord avec Maurice Raimbault (STD-2, STD-3 ), ensuite avec Sévastianos Roussos (INCO-DEV), Pierre Christen et avec Jean Lorquin. En 2010, le Professeur Carlos Ricardo Soccol a été nomé Professeur Honoris causa de l’Université Blaise Pascal, et il m’a invité pour assister à la cérémonie officielle. Je me suis rendu à Clermont-Ferrand pour l’occasion et c’était un moment très émouvant pour tous.
Maroc

A partir de Montpellier, en 1995 l’équipe de Mycologie et des Fermentations en Milieu Solide (IRD) a initié des collaborations avec le laboratoire de Bioconversions (IAV) visant la valorisation des sous produits agricoles et la sélection de souches microbiennes à partir de biotopes naturels comme les Maâsra, petites unités de trituration des olives au Maroc, en passant par la formation des stagiaires marocains en France. Ces collaborations ont permis de mettre en relief de nombreuses opportunités de coopération entre nos deux institutions.

Après le déménagement du Laboratoire de Biotechnologie de l’ORSTOM-Montpellier au Laboratoire de Microbiologie de l’IRD-Marseille en 1998, la collaboration avec l’IAV s’est poursuivie et les travaux de recherches ont été essentiellement réalisés avec l’équipe de S. Roussos, dans le cadre de plusieurs projets successifs financés par le Programme de Recherche Agronomique pour le Développement (PRAD). En 2002, une Jeune Equipe Associée à l’IRD (JEAI) a été mise en place (responsable Pr M.Ismaili-Alaoui) ce qui a contribué à poser les premières bases pour la création d’un centre d’excellence (IRD/IAV) dans le domaine des biotechnologies microbiennes post récolte au Maroc. Les résultats de ces recherches ont été divulgués au cours d’un séminaire international (Olivebioteq-2004) organisé par l’IAV et l’IRD, en novembre 2004. L’équipe des Bioconversions de l’IAV en collaboration avec l’IRD ont co-édité les actes du séminaire Olivebioteq-2004 (publi-livres). Les résultats ont également été valorisés par la publication de plusieurs articles et chapitres d’ouvrages, mais aussi par la présentation de conférences lors de congrès internationaux. De plus, les deux équipes ont participé comme membre fondateurs au projet de Master UNESCO BIODEV (Chaire de Biotechnologie pour l’Enseignement-Recherche en Agro-Industrielle pour un Développement Durable).

La coopération scientifique a été maintenue sous forme de Missions Longues Durée. Le DRV a fait des efforts importants vu que depuis 2002 jusqu’à 205 il y a eu chaque année une ou deux MLD réalisées au Maroc au sein de l’IAV. En échange, nous avons reçu à Marseille 10 étudiants en stage de fin d’études (Février à juin) et les chercheurs de l’IRD ont participé au jury de soutenance de leur thèse de fin d’études. De plus, le DSF a attribué une bourse de thèse à Hicham HASSOUNI, et deux bourses de formation continue pour le personnel titulaire de l’IAV-Hassan II. D’une part, Khadija LAMRANI, professeur adjoint en Microbiologie, s’est rendue en France 3 mois par an pendant 4 ans, afin de préparer sa thèse de doctorat d’état. Elle travaille sur la Biodiversité des Champignons Filamenteux Thermophiles des Maâsra au Maroc. D’autre part, Mostafa CHEHEB, Technicien Chimiste de Classe Exceptionnelle, réalise depuis 2002, chaque année trois mois de stage à Marseille pour apprendre les techniques de Microbiologie, de Biochimie et de Biologie Moléculaire.

Avec la création de l’UR-Biotrans, le biotope des Maasra au Maroc a été un des axes de recherches prioritaires pour cette nouvelle UR pour étudier l’impact des polyphénols des margines dans l’environnement, leur transformation par les microorganismes cultivés en FMS et les voies métaboliques impliquées dans ces biotransformations. Hicham LAKHTAR, a bénéficiéd’une bourse de thèse DSF-IRD pour réaliser sa thèse à Marseille en codirection de thèse avec le Prof. Ismaili-Alaoui de l’IAV-Hassan II au Maroc.

Tunisie

La coopération scientifique entre l’équipe d’Ecologie Microbienne et Biotechnologie de l’IMEP avec l’équipe de Microbologie et de Biomolécules actives de l’Université El Manar, impliquées dans l’étude de la biodiversité des moisissures post récolte des céréales en Tunisie, a été engagée en 2008 et a été concrétisée par (i) l’organisation d’un Séminaire International de Microbiologie Alimentaire (12-14 Mars 2009 à Hammamet) et (ii) d’un Cours International de Microbiologie Alimentaire (16-19 Mars 2009 à Tunis). Ces deux manifestations organisés avec le Centre Technique Agroalimentaire de Tunis et cinq institutions européennes, dont les représentants d’AgroSup Dijon et de l’Université de Bourgogne, participants au présent projet, ont permis (iii) la préparation d’un livre qui sera édité prochainement par Mr A. Boudabous et les équipes françaises, avec la coopération de l’IRD. (iv) Un séminaire méditerranéen Olivioteq aura lieu du 15 au 19 Décembre 2009, est co-organisé par S. Roussos l’IMEP – IRD de Marseille, l’IRESA et l’ENIS impliquant les quatre équipes de l’actuel projet. (v) Une thèse en co-tutelle est déjà engagée sur les Mycotoxines et les métabolites des Champignons post-récoltes avec une Convention signée entre l’université El Manar et l’Université Paul Cézanne (coir projet thèse Nesrine BELKACEM).

Olivebioteq-2009 organisé en Tunisie , MLD Roussos  de 3 mois fen 2009 (détails dans le Rapport d’activités):

Un projet bilatéral UTIQUE a été proposée en mars 2010 et les travaux de recherche proposés constituent une continuation de la coopération en cours entre les quatre équipes tunisiennes et françaises associées par plusieurs axes de recherche complémentaires sur : la biodiversité, l’études des champignons post – récoltes, la sécurité alimentaire et le développement durable par la valorisation de la biodiversité et des bio - ressources. Nous développerons, dans le cadre de ce projet, un réseau de laboratoires impliqués dans l’amélioration de la qualité des produits alimentaires et la réduction des pertes de production dues aux moisissures productrices des mycotoxines. La thèse de Nesrine BELKACEM, se réalise dans ce contexte. Une exploitation biotechnologique des enzymes fongiques et bactériennes les plus recherchées, laccases, cellulases, lipases et protéases est prévue dans le cadre de ce projet. Malheureusement notre projet n’a pas été financé malgré le fait qu’’il a été présenté deux ans de suite, et de ce fait, nous avons fait le minimum.

F. Administration de la Recherche (DU, CSS2, CS Université, AERES, INCO-DC)

Directeur adjoint du représentant au Mexique (1984-1990) : A cours de mon affectation au Mexique au Département de Biotechnologie de l’Universidad Autonoma Metropolitana d’Iztapalapa (UAM-I) j’ai été nommé régisseur adjoint et souvent j’ai assuré l’intérim, chaque fois que le représentant était en mission en dehors du Mexique. Au cours de mon séjour de 6 ans au Mexique, je faisais partie des experts du service culturel et scientifique de l’Ambassade et souvent j’ai fait partie des commissions bilatérales, en particulier pour la gestion des bourses doctorales en relation avec le Conacyt et la France.

Directeur du laboratoire de Biotechnologie Centre IRD Montpellier (1990-1996) : Dès mon retour d’affectation au Mexique, j’ai été affecté au Laboratoire de Biotechnologie dirigé par Maurice Raimbault, au Centre IRD de Montpellier. Quelques mois après l’affectation de Raimbault en Colombie, j’ai pris la direction du laboratoire pour 6 ans et j’ai fait partie du CTPL du centre. Au cours de mon affectation à Montpellier (1990-1996) ; je faisais également partie de la Commission mixte inter-institutionnelle d’Agropolis International Valorisation. Dans cette commission, on évaluait les projets de recherche régionaux de transfert technologique vers l’Industrie financés par Agropolis..

Membre de la Commission Scientifique N°4 Sciences du monde végétal (1994-1999) : J’ai été élu membre de la Commission scientifique pour deux mandants successif 1994 et 1998. Cependant avec la reforme de l’Institut en 1998 et le passage de l’ORSTOM à l’IRD, il a eu dissolution des commissions existantes et élection pour les nouvelles commissions CSS. Comme j’étais membre élu au Conseil d’Administration de l’IRD , je ne me suis pas présenté pour la CSS-2 dont je fait partie.

Membre du Conseil d’Administration de l’IRD (1998-2002) : Avec la réforme Lazar, j’ai participé au passage de l’ORSTOM à l’IRD, et j’ai assisté pratiquement à toutes les réunions du Conseil d’Administration (en moyenne il y avait 5 Conseils par an). Je me suis spécialisé sur la vérification des comptes, des chiffres et la critique constructive des textes de la reforme et la mise en place des nouvelles structures, en particulier des nouveaux Départements (DSF et DEV). C’était une expérience très intéressante et j’ai eu la chance de travailler de paire avec Francis Gendreau, pour calmer souvent la transformation profonde de l’Institut voulue rapide par le président Lazar.

Membre de la commission de la formation permanente à l’IRD (1993-à ce jour) : Dès la création de cette commission à l’ORSTOM en 1994, j’ai régulièrement fait partie de la commission Formation permanente de notre Institut en tant que membre représentant du personnel. Au cours de la période 1998-2002 j’ai mis en place une formation d’écriture de textes scientifiques en langue anglaise en utilisant le mail puis l’internet. Cette formation à distance était destinée au collègues de l’IRD affectés à l’étrangers ou en France, n’ayant pas la possibilité d’accéder à un laboratoire de langue. Le suivi des stagiaires et les cours théoriques et pratiques, étaient assurés pendant plusieurs années par les professeurs du laboratoire de langue de l’Université de Reading, où j’ai été élève moi-même, au cours de mon année sabbatique en Angleterre (1996-1997).

Membre du comité d’experts au DSF (2000-2005). Dès la mise en place du Département Soutien et Formation des Communautés scientifiques du Sud , Hervé De Tricornot, m’a nommé membre du Comité d’experts,où j’ai travaillé avec beaucoup de plaisir pendant 5 ans.

Directeur de l’Unité de Recherche en Transition UR-185 Biotrans (2006-2008) : Avec 5 collègues chercheurs et 1 techniciens à l’IRD on a créé l’UR Biotrans, pour étudier la Transformation des composés récalcitrants présents dans la biomasse végétale. Cette UR a été crée en transition à mi chemin du quadriennal, en vue d’intégrer pour le prochain quadriennal l’Institut Méditerranéen d’Ecologie et de Paléoécologie (IMEP) et fusionner ldans l’UMR CNRS-IRD-193.

Directeur Délégué de l’UMR-193 IMEP (UMR CNRS-IRD) de 2008-2011 : Depuis janvier 2008, Thierry Tatoni, Directeur de l’UMR IMEP, m’a désigné Directeur Délégué de l’UMR et chargé du suivi administratif avec l’IRD.

Membre de la Commission Scientifique de l’Université Paul Cézanne (2008 à ce jour)/ Lors des éléctions paritaires à l’Université Paul Cézanne, j’ai été élu membre du CS pour une période de 4 ans. Ici aussi, j’ai eu la chance de me trouver au cours de la réforme des universités et la fusion des trois universités marseillaises en un seul ensemble Aix-Marseille Université (AMU).

Membre du Conseil Scientifique de l’AFIDOL (2009-2012). J’ai été nommé membre du CS de l’Afidol, (Association Française de l’Industrie de l’Olive) pour une période de 4 ans en tant qu’expert sur la valorisation des produis et des sous produits solides et liquides de l’industrie des olives.

Membre du Bureau de Direction de l’Institut Méditerranéen de Biodiversité et d’Ecologie marine et continentale (IMBE). Nouvelle UMR Aix-Marseille Université - CNRS-IRD, chargé de Relations Internationales à partir de janvier 2012.

Annexe : Tableaux de synthèse :

Table 1: Historique des Grades successifs de S.Roussos à l’IRD, années de promotion et indices au moment de la promotion.


Grade et échelon

Date

Indice

VSN

01/02/1978

-

ELO

01/10/1979

335

CR0

01/10/1981

357

CR2

01/01/1984

420

CR1

01/01/1985

478

DR2

01/07/1994

773

DR2

01/07/2004

Echelon N°06 indice A3


Table 2: Affectations successives, structures d’accueil et thématique de recherche de S. Roussos



Pays

Année

Infrastructure d’accueil

Thématique de recherche







Sénégal

1978-1979

Centre ORSTOM

Taxonomie numérique, Bactéries







France (Vert-le-Petit)

1979-1982

IRCHA

FMS, Cellulolyse, champignons







Martinique

1982-1984

Labo. ORSTOM

FMS, Bagasse de canne, Trichoderma







Mexique

1984-1990

UAM-Ixtapalapa

FMS, Bagasse de canne, pulpe de café







France (Montpellier)

1990-1996

Centre ORSTOM

FMS, Physiologie et Métabolisme fungi







Angleterre

1996-1997

Univ. de Reading

FMS en continu, projets européens







France (Montpellier)

1997-1998

Centre ORSTOM

FMS, Physiologie et Métabolisme







France (Marseille)

1998-2005

LMI : IFR-BAIM

Mycologie : Biotechnologie Olives/Café







France (Marseille)

2006-2007

UR-185 Biotrans IRD

Bioransformation des tanins condensés







France (Marseille)

2008-2011

UMRCNRS-IRD : IMEP

Ecologie microbienne et biotechnologie









Tableau 3: Productions des connaissances, formation des partenaires et valorisation de la recherche scientifique de S. Roussos (agent IRD N° 70.969).

Rubriques

Quantité

Commentaires

Publications scientifiques

72

Périodiques à comité de lecture

Conférences internationales

97

Congrès, Symposium, Séminaires

Affiches (Posters)

117

Congrès, Symposium, IST

Chapitres d’ouvrages

60

Actes de congrès, colloques et séminaires

Ouvrages (éditeur ou co-éditeur)

8

FMS, Coffee Biotechnology and quality, Olive

Rapports sur conventions

47

Documents à peu de tirage, souvent confidentiels

Edition de DEA, thèses,

36

Edition en petit format pour diffusion

Contrats sur appel d’offre

22

Ministère de la Recherche, ANR, ANVAR, Europe

Brevets et certificats d’invention

9

Déposés en France ou au Mexique

Film vidéo

5

Valorisation post récolte (bagasse, pulpe de café)

Organisation Congrès Internat.

10

3 SIBAC, 3 FMS, 4 OliveB : 6 livres en Coéditeur

Direction de thèses

32

Mexique, Brésil, Grèce, Maroc et en France
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