THÈse pour le diplôme d’État








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UNIVERSITÉ PARIS DIDEROT - PARIS 7

FACULTÉ DE MÉDECINE

Année 2014

THÈSE

POUR LE DIPLÔME D’ÉTAT

DE

DOCTEUR EN MÉDECINE

PAR

Cristina EGEA

Née le 27 juin 1983 à Neuilly-sur-Seine
connecteur droit 3

Présentée et soutenue publiquement le 20 mai 2014

connecteur droit 2


Les facteurs de risque de résistance aux fluoroquinolones en traitement de première intention de la pyélonéphrite aigüe chez la femme.


Président de thèse : Professeur Enrique CASALINO

Directeur de thèse : Docteur Christophe CHOQUET

DES DE MEDECINE GENERALE

REMERCIEMENTS
A Monsieur le Professeur Enrique CASALINO, pour avoir accepté de présider ma thèse et pour sa participation à sa réalisation. C’est durant mon semestre passé dans votre service que j’ai réellement découvert la médecine d’urgence, pour mon plus grand bonheur. J’ai débuté cette spécialité avec vous et clos aujourd’hui, en votre présence, ma formation étudiante que je m’attèlerais à compléter tout au long de ma carrière.
Au Docteur Christophe CHOQUET pour avoir dirigé ce travail. Reçois ici le témoignage de ma sincère reconnaissance.
A Madame le Professeur Françoise BRUN-VEZINET et à Monsieur le Professeur Bruno FANTIN, membres du jury, qui me font l’honneur de juger ce travail et à qui j’adresse mes sentiments respectueux.
Au Docteur Laurence Armand-Lefèvre. Merci pour ta contribution, sans laquelle ce travail n’aurait pu voir le jour.
A mes maîtres d’internat.

Merci au Docteur Fleur NGUYEN pour m’avoir montré la voie. J’ai géré mes premières urgences vitales à tes côtés. J’espère que notre route se croisera à nouveau.

Au Docteur Sébastien ROBINEAUX. Tu m’as réconciliée avec la médecine générale. Merci pour ta confiance pendant mes remplacements dans ton cabinet qui resteront une formidable expérience.

Au Dr Pansard, pour ces enseignements précieux en rythmologie.

Au Dr Cerf, et à toute son équipe médicale. Merci pour ce semestre « vis ma vie de réanimateur ». Je serais bien restée un semestre de plus à vos côtés.

A mes co-internes.

A Sabrina, co-interne et amie. Nous avons presque tout partagé depuis la P2. Merci de ton soutien sans faille. Je suis très heureuse aujourd’hui de poursuivre cette aventure avec toi.

Merci à Marine, Julie, Julia, Nathalie, Sophie, Ozkan, Laure, de m’avoir accompagnée durant mon internat, dans ces bons et ces mauvais moments.

A mes amis.

A Maelle. Merci pour tout, tout simplement.

Merci à Damien F. pour ses fous rires et tous ces bons moments partagés. Tu as rendu cette décennie plus légère.

Merci à Damien M., mon coronarographiste préféré. A notre ambition partagée. Merci de tes encouragements incessants.

A Jérémy. Merci d’avoir su aussi bien intégrer notre groupe. Merci de faire partie de ma vie.

A Jonathan. Merci d’avoir appris à me connaître.

A Nathalie, Anabelle et Dorothée. Aux pièces rapportées. Merci pour tous ces moments de folie.

A Emilie. Merci de ton amitié et ton soutien depuis si longtemps. Merci aussi pour tous ces moments partagés, en espérant qu’il y en ait beaucoup d’autres.

A ma famille.

A Rébecca, ma sœur. Merci de ton éternel soutien. Tu es l’un des piliers de ma vie.

Merci à mes parents d’avoir toujours été présents pour moi. Merci de m’avoir inculqué, entre autres, le goût du savoir et l’indépendance et de m’avoir permis de réaliser mon rêve d’être médecin sans jamais douter de ma réussite.

Merci à Silvana, pour sa relecture attentive et son soutien durant ce travail.

A Mamie et Abuelita. Merci pour leur force et leur courage. Je regrette que vous ne soyez plus là aujourd’hui pour voir celle que je suis devenue.

A Blaise. Merci pour l’assistance en informatique, car pas de thèse sans ordinateur.

A mes tantes et mes oncles.

A Christophe, pour les soirées cinéma.

A ma belle-famille.

A Mikaël, mon mari. Présent depuis toujours. Merci de partager ma vie avec autant de patience et d’amour.

TABLE DES MATIERES


I. RAPPELS A PROPOS DE LA PYELONEPHRITE AIGÜE 10

A. Généralités sur les infections urinaires communautaires de l’adulte en France  10

1. Définitions 10

2. Eléments de physiopathologie 11

3. Notions d’épidémiologie 12

4. Microbiologie des infections urinaires communautaires de l’adulte en France  13

B. Recommandations actuelles de prise en charge en ambulatoire de la PNA 18

1. Poser le diagnostic de pyélonéphrite aigüe 18

2. Stratégie concernant les examens complémentaires  20

3. Prise en charge de la PNA simple 25

4. Suivi 32

5. Complications 33

6. Mesures de prévention 35

7. Algorithme de l'AFSSAPS 2008 36

C. Pratique actuelle en 1ère ligne au SAU de Bichat 37

D. Problématique et but de l'étude 37

II. L’ETUDE 38

A. Matériel et méthode de recueil des données 38

B. Population de l'étude 39

1. Critères d’inclusion 39

2. Critères d’exclusion 39

C. Données étudiées 40

D. Saisie des données et méthodes statistiques 41

III. RESULTATS ET ANALYSE DES DONNEES 42

A. Population de l’étude 42

B. Données démographiques : âge des patientes 42

C. Antécédents médicaux spécifiques 43

1. Antécédent d’infection urinaire 43

2. Antécédents urologiques et/ou néphrologiques 44

D. Pyélonéphrites aigües graves 45

E. Diagnostic positif de PNA 47

F. Bactériologie 48

1. Distribution des bactéries dans la population étudiée 49

2. Le cas d’E. coli 50

3. Etude des ECBU négatifs 50

4. Etude des ECBU polymicrobiens 51

G. Traitement 52

1. Traitement ambulatoire 52

Hospitalisation 57

DISCUSSION 59

CONCLUSION 64

ANNEXES 66

Annexe 1 : Questionnaire  66

Prise en charge des pyélonéphrites aigües au SAU du CHU Bichat. 66

Annexe : 2 Protocole de prise en charge des PNA au SAU Bichat 68

68

IV. BIBLIOGRAPHIE 69

RESUME 74


ABREVIATIONS



  • AFSSAPS : Association Française de Sécurité Sanitaire des Produits de Santé

  • BU : bandelette urinaire

  • BGN : bacille à Gram négatif

  • BGP : bacille à Gram positif

  • BLSE : bêta-lactamase à spectre étendu

  • C3G : céphalosporine de 3ème génération

  • CIVD : coagulation intra-vasculaire disséminée

  • E.coli : Escherichia coli

  • ECBU : examen cytobactériologique des urines

  • EARS-Net : European Antimicrobial Resistance Surveillance Network

  • FQ : fluoroquinolone

  • HAS : Haute Autorité de Santé

  • IUF : infections urinaires fébriles

  • PNA : pyélonéphrite aigüe

  • SFU : signes fonctionnels urinaires

  • SMX-TMP : sulfaméthoxazole-triméthoprime



INTRODUCTION

Les infections urinaires communautaires de l’adulte ont une prévalence de l’ordre de 5% chez les femmes françaises, représentant ainsi le second site d’infection bactérienne après l’appareil respiratoire (1), et sont un motif de consultation très fréquent en médecine de ville comme dans les services d’urgence hospitaliers.

L’Agence Française de Sécurité Sanitaire des Produits de Santé (AFSSAPS) a établi en juin 2008 de nouvelles recommandations de bonne pratique concernant le diagnostic et la prise en charge des infections urinaires communautaires chez l’adulte (2). Elle a réaffirmé la possibilité de traiter efficacement en ambulatoire, et sans risque accru par rapport à une prise en charge hospitalière, pour les infections urinaires fébriles (IUF) dont les pyélonéphrites aigües, infections bactériennes potentiellement sévères, sous certaines conditions précisées.

Paradoxalement, peu d’études sur ces pathologies ont été réalisées dans le cadre strict de la ville.

A ce jour, l’antibiothérapie par voie orale des IUF est bien établie et repose essentiellement sur les fluoroquinolones d’après les recommandations de l’AFSSAPS et de l’European Association of Urology. On sait cependant que les taux de résistance bactérienne s’accroissent ces dernières années. La résistance aux antimicrobiens a été reconnue comme une menace grave pour la santé publique dans les années 1990 (3). Il s’agit d’ailleurs de l’un des principaux axes du Plan National pour préserver l’efficacité des antibiotiques lancé en 2002 par le Ministère de la Santé.

Certaines études parues depuis les années 2000 permettent d’identifier certains facteurs de risque de la résistance bactérienne aux quinolones (4–7).

Le traitement ambulatoire de première intention pourrait donc être remis en cause dans certaines situations, ayant pour conséquence une augmentation du nombre de patients hospitalisés, des arrêts de travail plus longs, soit un coût de revient plus élevé pour le patient et pour la Sécurité sociale.

Il semble intéressant de pouvoir identifier ces facteurs de risque afin d’adapter d’emblée l’antibiothérapie probabiliste de première intention.

Actuellement, l’activité des services d’urgences hospitaliers est représentée à 80% par des patients de médecine générale (8). Force est de constater qu’une tranche de population relevant d’une prise en charge de médecine générale consulte malgré tout dans un service d’urgences hospitalier. C’est pourquoi notre étude est basée sur les pyélonéphrites aigües prisent en charge au Service d’Accueil des Urgences du CHU Bichat-Claude Bernard (Paris).

La pression de sélection liée à l’emploi des quinolones pour le traitement des infections urinaires peut être liée à la surprescription de ces antibiotiques pour des tableaux cliniques finalement ne nécessitant pas d’antibiotique car le diagnostic ne pourra être retenu. Mais aussi à la prescription systématique de ces molécules en première intention. D’autre part, l’augmentation de la fréquence de la résistance au quinolone en ville peut compromettre le choix de cette famille en première intention et il est nécessaire d’évaluer si des facteurs simples et facilement disponibles par l’urgentiste permettent de prédire cette résistance.

L’objectif de notre étude est d’évaluer les variables associées au diagnostic définitif de pyélonéphrite aigüe communautaire et d’identifier les variables cliniques potentiellement associées à la résistance aux fluoroquinolones.

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