Mycologie medicale : classification des organismes








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LUSVEN Marion

POEDRAS Luc-Erwan

14/09/10

Parasitologie, mycologie médicale, Guiguen

MYCOLOGIE MEDICALE : CLASSIFICATION DES ORGANISMES

I - Historique

1760 : Classification de Linné définit 2 règnes :

- animaux : protozoaires, métazoaires

    • végétaux : plantes, algues, champignons

Nous utilisons toujours à l'heure actuelle cette classification : on attribue un nom de genre (en majuscule) ainsi qu'un nom d'espèce (en minuscule) : ex : Homo sapiens
1866 : Classification de Haeckel définit 3 règnes :

- animaux : métazoaires

- végétaux : plantes, algues, champignons

    • protistes : protozoaires, bactéries, myxomycètes


1969 : Classification de Wittaker définit 5 règnes :

- monomères (bactéries)

- protistes

-champignons

- végétaux

-animaux

NB : les parasites appartiennent aux animaux et aux champignons
II- Mycologie d'hier et d'aujourd'hui
Les champignons sont connus depuis toujours (sous leur forme macroscopique)

- Antiquité : on leur attribuait un rôle maléfique (il permettaient de tuer)

- Epoque romaine : intérêt culinaire

- XVIe siècle : début de la mycologie microscopique

- 1730 Micheli : études des micro-organites (spores) : 1ère tentative de classification

- XIXe siècle : début de la mycologie moderne, travaux de La Fries, de Corda, de Saccardo

- 1850 : Du Barry dénombre 900 espèces ( livre )

- 1900 : Sabouraud : mise au point d'un milieu de culture gélosé( sucré, peptonée ). Celui ci est toujours utilisé (on n'a pas encore trouvé mieux même si on y a apporté des modifications comme l'ajout d'antifongiques ou d'antibiotiques selon le microorganisme que l'on souhaite étudier)

- 1910 : Villemin : étude des différents spores fongiques

- milieu XXe siècle : Masson et Hugues : classification des champignons sur la base des formes de spores

- 1970 : Baron, Ellis : classification sur les modes de formation des spores

- 1983 : Ainswork er Bisby’s : dictionnary of the fungi

- dernière decennia: ultrastructure de la paroi, biologie moléculaire contribuent à la taxonomie
On s’intéresse aux champignons microscopiques mais ils possèdent la même structure que les macroscopiques. Les champignons sont fabriqués de mycélium (= thalle) et il en existe deux types :

- le mycélium végétatif qui parcourt le sol ou la gélose à la recherche des éléments nutritifs pour le champignon et qui n’est pas visible.

- le thalle reproducteur visible à la surface contenant les spores de reproduction qui deviendront micromycètes.

III - Facteurs favorisants pour le développement d’une mycose :

  • Les champignons sont opportunistes. Ainsi, on les a vu se développer avec les avancées médico-chirurgicales qui fragilisent l’organisme :

  • Antibiotiques (ATB) utilisés en trop grosse quantité ou trop longtemps

  • Corticoïdes

  • Immunosuppresseurs

  • Greffes +++ (les patients sont donc mis dans des chambres stérile à flux laminaire)



  • Le prolongement de la vie : plus on vieillit, plus on est susceptible de développer des mycoses (buccales ++)




  • L’essor du SIDA : multiplication des mycoses. Le cryptocoque est un champignon marqueur du SIDA dans 95% des cas.

IV - Infections fongiques nosocomiales
1980-1990 : 2 à 4% des hospitaliers

1990-2000 : 4 à 6% des hospitaliers

On atteint maintenant les 7%

  • Candidoses : 78, 3% de ces infections, sont de bon pronostic sauf en cas de septicémie.

  • 59,7% : Candida albicans

  • 18,6% : autres espèces Candida

  • Aspergilloses : 1,3% des infections. Celles ci font peur : si elles sont développées lors d'une maladie (par exemple lors d'une aplasie), elles entrainent la mort dans 80% des cas...



Dans les années 1950, on connaissait environ 70 champignons parasites (10 à l'origine de myoses profondes, 15 de mycoses des muqueuses et 40-50 dermatophytes ( la teigne par exemple). En 2006, on en avait identifié plus de 550. Cette augmentation s'explique par le fait qu'ils sont opportunistes et qu'avec les progrès de la science on sait mieux les identifier.

Tous les champignons se multiplient de manière asexuée. Mais parfois une reproduction sexuée est possible. Quand dans le sol, un thalle – rencontre un thalle +, il y a production d'un œuf. Ce zygote contient des spores issues d'un mélange des deux thalles. Ce mode concerne moins de 1000 espèces de champignons. (Ceux ci possèdent un nom différent selon qu'ils soient issus d'un reproduction sexuée ou non)

V – Classification

Elle est utilisée en pratique courante par le médecin et regroupe les champignons en 3 catégories :

A - Champignons levuriformes (moins de 1000)

Protistes : champignons unicellulaires possédant un noyau car ils appartiennent aux eucaryotes. Cette cellule va germer ie bourgeonner. Une fois le bourgeon mûr, il se sépare de la cellule mère pour donner un cellule fille qui va bourgeonner à son tour. un poly-bourgeonnement est possible également
800 espèces réparties en genres :


  • Candida : le plus important en pathologie humaine,

  • Crypotococcus : peut être dangereux chez les immunodéprimés. C'est ainsi un marqueur du sida. Commensale chez les pigeons

  • Malassezia : tâches sur la peau

  • Trichosporon : cutaneum : rare, pathogène

  • Rhodotorula : levure rouge sur culture sabouraud, non pathogène

  • Saccharomyces : permet à la bière de mousser, au pain de lever, au vin de fermenter, c'est donc un champignon utile


B - Champignons filamentaux
Unicellulaires, allongés, peuvent être cloisonnés (« septés ») ou non (« siphonné » )


  • Les Dermatophytes : ne peuvent survivre que sur de la kératine morte (comme les plumes d'oiseau) ou vivante (phanères, ongles, peau), 50 espèces, entrainent des maladies

  • Les Moisissures : la casi totalité des 100000 espèces existantes, 3700 genres, toutes opportunistes (plusieurs interpellent le médecin selon l'état du malade) poussent dans des protéines et tissus en décomposition

  • Aspergillus : les plus graves

  • Alternaria : attaque les feuilles de rosier, laurier... (trous entourés de marron). (pathogène sur les immuno- déprimés)

  • Fusarium : dans les eaux (étang) et dans les paumes de douche mal nettoyés (même à l'hosto)

  • Penicilium : pourriture des fruits, du camenbert, roquefort = penicilium roquefortii

  • Mucorale

Les moisissures nous attaquent peu mais sont de mauvais pronostic quand elles le font.

C - Champignons dimorphiques

Peuvent adopter les 2 formes (levure et filament) mais pas n importe comment : Ils sont sous forme de levures quand ils sont chez l'Homme ou l'animal, filamenteux dans leur milieu naturel et sur les géloses.

  • Histoplasma : marqueur du SIDA

  • Coccidioidomyces immitis

  • Blastomyces

  • Sporothrix schenkii



Une quarantaine d’espèces responsables de mycoses exotiques.

VI- Facteurs favorisant les mycoses

la barrière cutanéo-muqueuse nous protège des agressions extérieures

- Locaux  :

  • Macération (lors de sudation excessives pieds principalement)

  • Cathéter-sonde (ex : drains contaminé utilisé pendant la chir)

  • Trauma

  • Brûlure

  • Radiothérapie

  • Toxicomanie par voie IV

  • Interventions chirurgicales (digestives, cardiaques)

  • Cavité préformée

- Physiologique :

  • Nouveau-né, et surtout prématuré (non immunisé, flore non équilibrée)

  • Vieillard (dents déchaussées et dentier sont sources de mycoses baisse des défenses immunitaires)

  • Grossesse (le pH vaginal est alors favorable au développement du Candida)

  • Oestroprogestatif (pH)

Endocrinien :

  • Diabète : le champignon adore le sucre

- Déficit immunitaire

  • Acquis : SIDA

  • Iatrogène : chimiothérapie aplasiante, greffe d’organe et de moelle

- Thérapeutique :

  • Antibiothérapie

  • Corticothérapie

  • Traitement immunosuppresseur

VII- le réservoir des champignons

  • Le sol +++ ( champignons géophiles)

  • Animaux (champignons zoophiles) : sur poils, becs d'oiseau, cornes...

  • Hommes (champignons anthropophiles) = parasite permanent, transmis via contact avec le sol et/les animaux

VIII- épidémiologie des mycoses

A- Source de contamination :

- Homme-environnement

  • Inoculation par écharde (sporotrichose, chromomycose, maduromycose)

  • Inhalation de poussières (histoplasmose (chauve-souris), coccidioïdomycose, cryptococcose (marche), aspergillose (mur))

- Homme-animal

Dermatophytes

- Contact inter-humain

  • Candidose (mère-enfant, IST)

  • Teignes scolaires (dermatophytes)

B- rôle du biologiste

1- Prélever ou s’assurer de la bonne qualité du prélèvement

2- identifier avec précision et rapidité l’agent fongique en cause

3- orienter le choix thérapeutique du clinicien

4- suivre l’évolution de l’infection ou le contrôle du traitement

5- rechercher l’origine d’une épidémie fongique nosocomiale

C- Prélèvement : comment ?

Récipients stériles et acheminement rapide au laboratoire

1 - Mycoses superficielles

  • Pityriasis versicolor : cellophane adhésive collé sur la lésion

  • Lésion suintante : écouvillon

  • Lésion ulcérée ou nécrotique : écouvillon ou biopsie

  • Lésion squameuse sèche : en périphérie de la lésion,squames grattées (eczema, herpès)

  • Ongle : à la limite ongle malade/sain

  • Cheveux : à la pince à épiler, au centre de la lésion

2 - Mycoses profondes

  • Liquides : LCR, sang, urines, ascite (pas de levure à l'état normal )

  • Biopsie d’organe

D- Argument en faveur de la responsabilité d’un champignon opportuniste dans une lésion

La présence q'un aspergillus n'est pas nécessairement synonyme d'aspergillose surtout si le sujet est bien portant et ne présente aucuns facteurs favorisants!

  • Facteur favorisants  : Locaux et/ou Généraux

  • Examen direct positif (ou histologie positif)

  • Une seule espèce de champignon est isolée (sur plusieurs points d’ensencement)

  • La répétition des prélèvements montre toujours le même champignon à l’isolement

E- outils usuel de diagnostic

  • Mise en évidence du champignon dans les lésions

  • Examen direct +++ il est systématique

  • Histologie

  • Isolement du champignon :

  • Culture: sabouraud +++ , 24/48h pour les levures ; 10 jours pour les moisissures ; 3 semaines pour les dermatophytes

  • Inoculation à l’animal (très rare )

  • Identification du champignon :

  • Critère macroscopique : aspect, couleur...

  • Critère microscopique ; spore...

  • Critère biochimiques

  • Réactions sérologiques :

  • Anticorps circulants

  • Antigènes circulants

IX - Antifongiques

Pendant très longtemps, l'arsenal thérapeutiqu est resté très réduit.

- 1903 : iodure de potassium (toujours utilisée aujourd'hui)

- 1950 : polyène

- 1950 : nystatine

- 1955 : amphoténicine B (toujours standart pour mycoses profondes mais néphrotoxique)

- 1958 : groséofulvine (dermatophytes)

- 1963 : 5-flurocytosine : TOUJOURS en association avec un autre antifongique car entraine une resistance dans 50 % des cas si non associé.

- 1969 : imidazolés

- 1969 : miconazole

- 1969 : éconazole

- 1977 : kétoconazole

- 1985 : triazole

- 1987 : fluconazole

→ les azoles sont les plus utilisés et le triazole et le plus fort

- 1990 : allylamine : terbinafine

- 1990 : morpholine : amorolfine

- 1990 : vecteurs lipidiques et ampho B permet de diminuer la néphrotoxicité

- 1993 : itraconazole

- 2000 : voriconazole

- 2003 : posaconazole

- 2005 : caspofongine

- 2009 : micafongine

Conclusion :

  • Protocole thérapeutique

  • Guérison ou prolongement de la vie

  • Augmentation des infections opportunistes

  • Extension du spectre clinique

  • Emergence de nouvelles espèces

  • Espoirs

  • Diagnostic plus précoce (espèces affinées de plus en plus rapidement grâce à :

  • Sérologie ( Ag circulant)

  • Biologie moléculaire

  • Adaptation des thérapeutiques antifongiques guidées par des antifongigrammes, CMI, dosage sérique

  • Nouveaux antifongiques : triazalés, allylamine, vecteur lipidique

  • Mesures préventives

  • Locaux

  • Utilisation d’un flux laminaire

  • Maintenance des circuits de climatisation

  • Traitement antifongique des peintures, faux plafonds

  • Malades

  • Décontamination fongique digestive systématique

  • Surveillance de la nourriture (épice, fruits). Il y a par exemple plus de 100000 spores de champignons dans 1g de poivre!

  • Ablation des cathéters le plus vite possible

  • Education sanitaire (fleurs, plantes), IL NE FAUT JAMAIS AMENER DE FLEURS A UN IMMUNODEPRIME.

LEVURES

(=levuriformes)

Thalle unicellulaire et multiplication asexuée par mono ou poly-bourgeonnement : 83 genres, 800 espèces.

Principaux genres rencontrés en pathologie:

  • Candida : filamenteux (Candida stricto sensu)

Non filamenteux (ex : Torulopsis)

  • Cryptococcus

  • Trychosporon

  • Malassezia

I – Candida 166 espèces

Nous sommes tous porteurs de Candida.

1)Endo-saprophytes : ils appartiennent à la flore naturelle. Ex : C.albicans :présent dans le tube digestif des hommes et animaux

2)Endo-exo-saprophytes

  • C. tropicalis (muqueuse): n'est pas forcément tropical

  • C. glabrata (muqueuse) (ex : Torulopsis)

  • C. famata (tube digestif)( ex : Torulopsis)

  • C. guillermondii (peau + arbre trachéobronchique)

  • C. parapsilosis (ex C. parakrusei) (peau + arbre trachéobronchique)

3)Exo-saprophytes (vivent dans : sol-végétaux-eau-fruits-jus de fruit- lait)

  • C. krusei :

  • C. kefyr (ex C.pseudotropicalis)

  • C. inconspicua (ex Torulopsis)

Commentaires des diapos 3 à 32 du PDF du prof « Mycologie médicale – Les levuroses » (dispo actuellement sur le réseau péda et prochainement sur l'ordi de la corpal...)

- Une candidose a souvent pour origine un désequilibre de la flore parasitaire naturelle et a pour conséquences :

au niveau buccal : présence d'un « muguet » blanc voire même noir sur la langue et la face interne des joues + lèvres fendillées (« perlèche » = candida le plus souvent. Ancien diagnostique du SIDA.

- Oesophagites a candida avec possible rétrécissement

- anite à Candida : (prurit anal toute la journée) qui peut auto-ensemencer la flore vaginale :

- vaginite à Candida qui peut être alors transmise au partenaire sexuel :

- balanite à Candida

de manière générale : tous les plis peuvent être atteints : ombilic, sous les aisselles, sous les seins, entre les doigt, sous les ongles (atteinte toujours proximale pouvant aller jusqu'à une onigodystrophie complète)

- atteinte des ongles au niveau proximal avec un bourrelet inflammatoire au niveau des ongles = perionyxis, dernier tiers de l'ongle aplatit.

- mais si on a un passage dans le sang circulant (par la barrière intestinale, par le biais d'un cathéter contaminé...) septicémie et si survie sans traitement on développe alors une candidose viscérale : cerveaux et foie principalement

Commentaire de la diapo 33 : pour différencier les 166 espèces différentes on a recours à des tests biochimiques : on teste ce que la levure assimile, les résultats étant annalysés par une machine

techniques de diagnostic:

sur le chrome agar: les levures se colorent différentiellement

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