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Le CMH I est une molécule retrouvée de façon quasi-ubiquitaire à la surface des cellules nuclées de notre organisme (il est présent dans toutes les cellules nuclées sauf les hématies et les cellules germinales). Il est composé d'une chaine alpha et d'une chaine bêta microglobuline. Sa poche à peptides peut contenir un peptide de 9 acides aminés. Il est reconnu par les lymphocytes T CD8 (notés parfois LT8). Une diminution de son expression à la surface des cellules déclenche l'activité des Lymphocytes NK (natural killer) qui détruisent la cellule. Ceci permet d'éliminer les cellules tumorales ou infectées qui échappent au système immunitaire « classique » en diminuant l'expression du CMH I. Une absence de l'expression des molécules du CMH I dû à l'absence de transporteurs TAP1 et TAP2 est caractérisée par une maladie nommée le "Bare Lymphocyte Syndrome".


Le CMH II est une molécule retrouvée à la surface des cellules présentatrices de l'antigènes (CPA) dites « professionnelles » (car n'exercent que ce rôle) telles que les cellules dendritiques, les lymphocytes B activés, les macrophages.

Les molécules du CMH II présentent les peptides aux lymphocytes T auxiliaires(LT CD4).

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