Recherches en génomique animale








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3.4Un animal durable

3.4.1Précision sur la définition de ce champ


La problématique globale de ce champ concerne la réponse adaptative ou la robustesse des ruminants aux perturbations de leur environnement. Elle semble essentielle pour assurer la pérennité de l’élevage des ruminants. Le but est d’obtenir des animaux performants dans une large gamme de conditions climatiques et de systèmes d’élevage, tout en ne compromettant pas leur bien-être.

3.4.2Les apports attendus pour la filière et les questions de recherche attachées


Les points qui semblent les plus importants pour les professionnels des filières concernent essentiellement la robustesse et la résilience.

L’objectif est d’obtenir :

  • Des animaux adaptés aux systèmes et aux conditions de production qui évoluent ;

  • Des animaux résilients (qui conservent leurs capacités de production quelles que soient les évolutions des conditions de milieu) ;

  • Des animaux dont la performance est maintenue tout au long de leur carrière ;

  • Des animaux dont les périodes d’improductivité sont réduites au maximum ;

  • Des animaux « résistants » aux principales causes de réformes (maladies, reproduction, etc…) ;

  • Des animaux faciles à conduire ;


La résistance et la résilience des animaux aux maladies est une des composantes de la robustesse.
Les résultats attendus concernent :

  • La définition des « critères de mesure » de la robustesse et le développement des outils « terrain » pour les mesurer ;

  • L’adaptation des critères de robustesse (et donc des stratégies) aux régions, aux races, aux productions etc… ;

  • L’effet du croisement (effet de l’hétérosis) sur la robustesse ;

  • L’impact de l’homozygotie et de l’hétérozygotie sur la robustesse et la santé des animaux ;

  • Une meilleure compréhension des interactions entre les différentes composantes de la robustesse

3.4.3La contribution financière d’APIS-GENE


La contribution financière d’APIS-GENE ira de préférence à :

  • Des projets visant à mesurer la plasticité des génomes et la capacité d’adaptation aux changements (mesure du potentiel de production dans un milieu donné et possibilité de modulations) ;

  • Des projets concernant l’estimation du résultat des croisements en vue de répondre à une adaptation spécifique, à des contraintes de marché, d’environnement ou de système de production ;

  • Des projets destinés à orienter les animaux vers la robustesse et la pérennité (assurer les fonctions physiologiques de base dans un milieu aussi naturel que possible) ;

  • Des approches innovantes de la mesure de l’adaptation (mesure du stress, activité du génome dans les tissus clés…) ;

  • Des projets d’épigénétique.

La contribution financière d’APIS-GENE exclura :

  • L’adaptation abordée sous l’angle de la spécialisation ;

  • La génétique associée à des systèmes de production faisant massivement appel à des intrants (= bilan carbone et énergétique défavorable).



3.5La qualité intrinsèque, compositionnelle et sanitaire des produits

3.5.1Précision sur la définition de ce champ


La notion de qualité intrinsèque de produits couvre leur qualité compositionnelle, technologique, organoleptique, nutritionnelle, et leur qualité sanitaire. Ces qualités doivent être adaptées au besoin du client, du consommateur et à défaut peuvent conduire à des manques à gagner, du gaspillage, et rentrent dans l’efficacité globale de l’élevage (et de ses productions).

La déqualification de produits ne présentant pas les qualités requises engendrent des pertes économiques, du gaspillage et réduisent l’efficacité globale du système.

3.5.2Les apports attendus pour la filière et les questions de recherche attachées


Les points qui semblent les plus importants pour les professionnels des filières concernent essentiellement :

  • La mise en œuvre de tous les leviers permettant d’optimiser les coûts de la qualité des produits et répondant aux marchés ;

  • La maîtrise des critères de qualité sur toute la chaîne de production. Ces critères sont relatifs à :

    • La sécurité sanitaire : des animaux résistants au portage d’agents pathogènes pour l’homme contribueraient à sécuriser la chaîne de production de produits alimentaires ;

    • La nutrition et la santé diététique : des produits animaux avec des compositions d’acides gras plus favorables à la santé, des produits animaux moins oxydables, moins allergènes. Les leviers sont à la fois la conduite d’élevage mais également la génétique ;

    • L’aptitude à la transformation : la qualité de la matière première qui peut être conditionnée par la génétique de l’animal, et son environnement (alimentation, stress, …) détermine son aptitude à la transformation. La tendreté, la jutosité de la viande, le rendement fromager et la typicité des fromages sont des critères importants pour lesquels il faudra déterminer des marqueurs directs et indirects. D’autre critères peuvent être importants comme la résistance des animaux au portage d’agents de détérioration des produits (butyriques, Pseudomonas,…) qui peuvent induire des lipolyses, protéolyses ou autres phénomènes entrainant des pertes de rendement et des défauts sensoriels /organoleptiques ;

3.5.3La contribution financière d’APIS-GENE


Les projets visés par la contribution d’APIS-GENE dans ce contexte comprennent :

  • Des projets de génomique fonctionnelle sur l’augmentation des résistances des animaux aux agents pathogènes pour l’homme, résistants au portage de pathogènes ou d’agents responsable d’altération de la qualité des produits ;

  • Des projets de génomique fonctionnelle et de phénotypage, destinés à détecter/sélectionner des phénotypes favorables en termes d’aptitudes technologiques, nutritionnelles, compositionnelle et organoleptiques.

  • Des projets de détection de QTL et de mutations causales responsables de ces critères.

4Autres conditions d’éligibilité au financement d’APIS-GENE


APIS-GENE est une SAS de recherche et développement dont le modèle économique consiste à acheter des prestations de recherche pour tirer bénéfice de leur exploitation. Elle est donc propriétaire des résultats à concurrence de sa contribution et à ce titre bénéficie de la valorisation de ces dits résultats.

Les données de phénotypage et de génotypage issues de ces programmes devront être gérées à chaque fois que cela est possible comme des données particulières des SNIGs et leur accès devra être possible pour APIS-GENE afin de les mettre à disposition de projets ultérieurs. De même, les bases de données et les banques de prélèvements des programmes précédents (muscle, lait…) pourront être réutilisées à des fins de recherche complémentaire ou de valorisation.

5Mise en œuvre de ces axes de recherche

5.1Les 3 niveaux d’intervention d’APIS-GENE


Pour répondre à ces attentes des filières des productions animales, il est avant tout nécessaire d’investir dans des programmes de recherche avec des moyens à la hauteur de la complexité des questions et de leurs enjeux. Comme l’a montré l’expérience des 13 dernières années, seul un partenariat public-privé permet :

  • De mobiliser les moyens nécessaires ;

  • De garantir l’excellence scientifique de ces recherches ;

  • D’assurer que ces recherches soient orientées sur les finalités réellement importantes pour les filières ;

  • D’aller jusqu’à la finalisation et la valorisation des résultats de la recherche, en permettant aux filières professionnelles d’en garder la maîtrise.

La raréfaction des finances publiques et la concurrence accrue entre grandes zones d’influences pour les productions animales accentuent la nécessité de ce partenariat public-privé. C’est le premier niveau d’intervention d’APIS-GENE, en co-financeur de projets de recherche éligibles aux Appels d’Offres nationaux et européens (ANR, Horizon 2020…).

Mais APIS-GENE doit aussi se donner les moyens de finaliser des résultats de recherche issus de programmes auxquels elle a contribué précédemment. A ce stade, APIS-GENE peut être seul financeur, allant jusqu’à la valorisation commerciale de l’invention, soit co-financeur de projets éligibles à des appels d’offre innovation et développement, comme le PEI européen.

Enfin, APIS-GENE doit être en capacité d’amorcer des champs de recherche nouveaux, de « débroussailler » des problématiques complexes, qui déboucheront ensuite sur des programmes de recherche éligibles au 1er niveau d’intervention cités ci-dessus. Par nature ces programmes d’amorçage sont de taille plus modeste que les programmes de recherche proprement dits.

Ainsi, dans le périmètre d’intérêt décrit en début de cette note, APIS-GENE aura, globalement, 3 niveaux d’intervention :

  • Les programmes de recherche, en co-financement avec les appels d’offres régionaux, nationaux ou européens, garantissant ainsi l’effet de levier qui a été le succès des programmes AGENAE 1 et 2. Cet effet de levier n’est réel que si les financements ainsi mobilisés sont à une hauteur suffisante pour être attractifs tant pour les co-financeurs que pour les équipes de recherche ; Le financement d’APIS-GENE se fera autant que possible à parité avec les financements publics ;

  • Les programmes de finalisation, financés en propre ou en co-financement ;

  • Les programmes d’amorçage, généralement en financement propres ;

5.2Répartition stratégique des 3 niveaux d’intervention


Les membres associés au sein d’APIS-GENE ont défini une stratégie d’investissement qui réserve une part conséquente de financement dans les programmes de recherche (70% environ du budget total) si possible co-financés ; qui mobilise aussi des moyens sur la finalisation (20% environ du budget total) ; et qui garde une marge de manœuvre pour explorer des champs nouveaux (10% environ du budget total) en marge des appels d’offres recherche ou afin d’amorcer la recherche sur un champ particulier.

5.3Programmation dans le temps de la mobilisation de ces moyens


Selon cette stratégie, APIS-GENE a lancé depuis 2014 des Appels A Projets (AAP) conjointement à l’appel à projet générique annuel de l’ANR.

En 2017, pour la deuxième année consécutive APIS-GENE lance son AAP EGER, sur la base de dépôt de Manifestations d’Intention (MI) dont le modèle sera téléchargeable sur le site http://www.apis-gene.com/ dès le 17 octobre 2017.

Les programmes étudiés seront exclusivement des programmes d’amorçage, de recherche et de finalisation tels que décrits au paragraphe 5.1. En effet, un AAP spécifique pour les programmes de thèse sera mis en place pour la première fois courant Janvier 2017 (clôture des MI fin Avril) avec une publication des décisions en Juin 2017.

Les MI de l’AAP EGER 2017 pour les programmes d’amorçage, de recherche et de finalisation seront d’autant plus considérées qu’elles s’intégreront dans un méta-programme ou une dynamique générale plus large dont les objectifs globaux seront clairement explicités et qui intégreront les besoins des filières.

La clôture de soumission de ces MI est fixée au 31 janvier 2017. Les résultats de la première phase seront rendus mi-mars 2017. A l’issue de cette première phase de sélection, les MI retenues mais qui appellent des modifications devront être redéposées avant le 31 avril 2017. Elles seront étudiées par APIS-GENE lors d’une deuxième phase dont les résultats seront rendus début juin 2017.

Pour les programmes retenus, un courrier officiel sera adressé au coordinateur du programme afin d’en faire état lors d’une éventuelle soumission à un AAP national ou européen, en affichant le cofinancement d’APIS-GENE. Dans le cas de co-financement avec un partenaire public, le financement d’APIS-GENE est conditionné à la décision favorable du financeur public sollicité par le porteur de projet.

Pour cet AAP EGER 2017, APIS-GENE allouera un maximum de 2 Millions d’euros (TTC). Cette enveloppe sera attribuée, en veillant à l’équilibre entre les différentes questions de recherche abordées au paragraphe 3, avec une priorisation pour la précocité (sexuelle et développement) et la mortalité (embryonnaire et des jeunes bovins).
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